大圆满是非常高阶的禅修体系，修的是最深、最精微、最基本的心的层面。「心」指的是不间断跟外物接触的意识心理活动，从另一个角度说，就是升起显现(心象投射)的心理活动。
大圆满意指佛陀的一切功德都在本觉当中圆满具足，它是这些功德最深的基础位。尽管对于这无始无终的所谓「基位本觉」不需添加任何东西，当下这些功德却仍然无法全然展现。为什么? 因为无始以来俱同升起的昏昧(迷惑)所障碍之故。
「昏昧」是一种自动生起的无明，不知一切现象乃是本性空，也就是没有不合理的实存。它障蔽了本觉对于其自身清净本性的所谓「返照觉」。此清净本性分为三层：
- 本净(本来清净) – 远离一切概念心、有害情绪，甚至凡庸感官感受的粗分意识(受限的觉性，或称「心」)。它本来即离于不合理实存而清净。
- 任成(自然建立) – 升起一切显现(心象投射)。
- 大悲遍布(反应性) – 它依照因、缘，与他人的需要而散放。某种程度上它如同具有慈悲心般与有需要的对境沟通。
这三层次分别对应我们的意、身、以及语。
当基位本觉与暂时的昏昧一起流动时，基位本觉的作用变成串习阿赖耶—基位识，其为下列现象负责：
- 记忆
- 业力潜能与习气
- 产生困扰情绪与名义上困扰态度的习气
- 执取不合理实存的串习
大圆满禅修的目的在于 (1) 确实切断昏昧，从而真实终止串习阿赖耶，以及 (2) 为了圆满利益一切众生，要让所有本觉的内在功德完全发挥。
大圆满可以在西藏的宁玛派以及本波传承中找到，之后也传入了噶举派。在宁玛派的九乘次第判教系统中，被称为阿底瑜伽：在六种续乘当中属于最高。然而今天，大圆满型态的禅修常常在经续文本以外传授；例如，当作一种让心平静并获得完美专注阇摩他(寂止)的方法。这当然很有用。不过，若要获得解脱跟证悟，要修大圆满必须先广大的学习以及实修这些：
- 外加行 – 人身难得、诸法无常、轮回是苦、因果不虚(道德戒律)，解脱利益(出离心)，以及正确依止上师。
- 内加行 – 皈依加上大礼拜、基于慈爱与悲悯而发菩提心、金刚萨埵净业、供养曼荼罗、施身断法，以及上师瑜伽。
修完所有这些之后，必须接受续部灌顶并严守誓言。以此为基础，需要：
- 摩诃瑜伽修持 – 修佛尊身相与密咒的本尊瑜伽
- 阿努瑜伽修持 – 修精微风息、脉以及能量精滴。
若无坚实的正面力量(福德)，以及对所有上述修持深入了解，以及依靠具资格上师的引导跟鼓舞，是不可能有成功的大圆满修持。它太精微太困难了。
开始大圆满禅修时，放下所有成见、希求跟担忧，让心在或此或彼的概念念头之间沉静下来。每个剎那间，每个念头自然升起、安住，然后消失。只有当我们已经学习并禅修中观所讲解的空性：生、住、灭当中毫无可以找到的我来控制或观看整个过程，我们才能正确地这样修。在觉察此自然的生、住、灭当下，没有必要作有意识的努力：概念念头自动地「自我解脱」，意指它自己会消失，我们在念头之间安住。
接着，我们需要分辨在自然生、住、灭的剎那间的非概念性感知觉识。在这极为难以分辨的剎那间，我们获得仅仅来自一个感官的信息(例如，一个某颜色的某形状)，然后下一个剎那我们才用概念跟其他感官的信息去分析，然后心里决定这是这个或那个世俗对象。当我们能在心理活动的这些剎那之间安住，我们已经看到串息阿赖耶。然而这只不过是一种有限制的觉识，因为它还是跟昏昧相混。
我们需要更深入更细微，直到我们体验跟认识到在念头之间的觉识，有着深刻的三层本质(本净、任成、及大悲遍布)。我们需要依靠大圆满上师用特殊的方法来帮助我们认识自心本质。因为之前在阿努瑜伽修持当中已经为我们的能量脉管「上油」了，所有粗分心理活动自然消融，不必刻意为之。
因为昏昧渐除，我们的串息阿赖耶就变成力能本觉，也就是本觉不但升起觉知显现(心象投射)，也认知到它们，而后者更为有力。但我们还得更深入。专注在力能本觉清净显现的自然生、住、灭的剎那，我们需要认持本性本觉。此种本觉称为「广界(klong)」或「性界(dbyings)」，可以容纳诸显升起并有力地认持彼等。当我们认识并安住于此，我们就达到了立断，属于见道位，是修持到佛果的五道当中的第三个。
之后，藉由修持摩诃瑜伽佛尊身的缘故，力能本觉升起并认持自己为虹光身，而非凡庸蕴聚之身。此境界称为顿超，等同于修道位。经过四种次第，力能本觉变得更为凸显，同时也自然保持着本性本觉的表现。当力能本觉与本性本觉变得同样明晰，我们证悟无上果位，并且由于一路以来保持的强烈慈爱、悲悯、菩提心愿，我们能以最大的可能性利益一切众生。