Der Zweite Dudjom Rinpoche, Jigdral Yeshe Dorje (tib. bDud-‘joms Rin-po-che ‘Jigs-bral ye-shes rdo-rje) wurde 1904 in einer aristokratischen Familie geboren, die in Pemako (tib. Padma bkod) im Südosten Tibets lebte. Sein Vater, Kathok Tulku Norbu Tenzin (tib. KaH-thog Sprul-sku Nor-bu bstan-‘dzin), war in der Region ein bekannter Lehrer und somit war Jigdral Yeshe Dorje in der Lage, schon in frühster Kindheit Belehrungen von einigen der größten Lehrer der Zeit zu empfangen.
Es wird gesagt, dass Jigdral Yeshe Dorje im Alter von 5 Jahren begann, „Terma“ (tib. gter-ma) -Texte zu finden – kostbare Texte, die von früheren Lehrern oder verwirklichten Wesen versteckt wurden, um in einer späteren, glücksverheißenderen Zeit wiedergefunden oder verwirklicht zu werden. Auf diese Weise wurde er bekannt als ein großer „Tertön“ (tib. gter-ston), oder Entdecker von Schatztexten. In seiner Jugend studierte er an den großen monastischen Nyingma-Institutionen Zentraltibets, wie Mindrolling (tib. sMin-grol-gling dGon-pa) und Dorje Drag (tib. rDo-rje-brag dGon-pa). Schnell und einfach lernte er all die Unterweisungen, Rituale und Mandalas der Nyingma-Tradition.
Nach der chinesischen Invasion Tibets floh Dudjom Rinpoche nach Indien ins Exil und lies sich in Kalimpong nieder. Er fuhr fort, viele Belehrungen zu geben und war maßgeblich an der Renaissance religiöser und kultureller Angelegenheiten Tibets im Exil beteiligt. Doch er hatte auch Kritiker. Einmal wurde er auf einer Zugreise nach Kalimpong verhaftet und unter Hausarrest gestellt, nachdem man der Polizei fälschlicherweise mitgeteilt hatte, er sei ein Spion der chinesischen Kommunisten. Nachdem sich Seine Heiligkeit der 14. Dalai Lama zusammen mit den Königsfamilien Sikkims und Bhutans für ihn einsetzte, wurde er wieder freigelassen.
Dudjom Rinpoche war nicht nur ein großer Dzogchen-Meister, sondern auch ein außergewöhnlicher Gelehrter und erfolgreicher Schriftsteller. Sein berühmtestes Werk „Die Nyingma-Schule des tibetischen Buddhismus, deren Grundlagen und Geschichte“ ist der ausführlichste Text zu diesem Thema.
Dudjom Rinpoche unternahm weite Reisen und widmete in seinem späteren Leben einen großen Teil seiner Zeit dem Lehren im Westen, obwohl seine Gesundheit begann nachzulassen. Unter seiner Anleitung gingen viele westliche Schüler in lange Retreats und sie selbst halfen, die buddhistischen Lehren zu verbreiten. Er gründete mehrere Dharma-Zentren in Frankreich und den Vereinigten Staaten, und stellte damit sicher, dass die Nyingma-Tradition an diesen Orten fest etabliert wurde. Im Jahr 1987 starb er im Alter von 83 Jahren.