Das Kloster Kumbum Jampa-Ling (tib. sKu-‘bum Byams-pa gling) wurde 1583 vom Dritten Dalai Lama, Sönam-Gyatso (tib. rGyal-ba bSod-nams rgya-mtsho) (1543-1588) gegründet. Es wurde in Amdo (tib. A-mdo) in der Nähe vom Kokonor-See (tib. mTsho-sngon) erbaut, an dem Ort, an dem Tsongkhapa (tib. rJe Tsong-kha-pa Blo-bzang grags-pa) (1357-1419), der Begründer der Gelug-Tradition, geboren worden war. Das Kloster war in mehreren Texten der Kadam-Meister (tib. bKa’-gdams) vorausgesagt worden.
Als man nach der Geburt des Tsongkhapas seine Nabelschnur durchtrennte, fiel ein Blutstropfen zu Boden. Aus diesem Tropfen wuchs ein wundervoller weißer Sandelholzbaum. Er hat einen sehr breiten Stamm und 100,000 Blätter, die er nie verliert. Auf Tibetisch bedeutet die Zahl 100.000 einfach eine sehr große Menge, es ist nicht wörtlich gemeint. Auf jedem Blatt findet sich ein Bild von Buddha Sinhanada (tib. Seng-ge sgra). Auf der Rinde der Zweige und des Stammes dieses Baumes finden sich die Formen der Keimsilben und der Gegenstände, die dieser Buddha in Händen hält. In Zukunft wird Tsongkhapa als Sinhanada wiedergeboren werden, als der elfte der tausend Buddhas, die während dieses glücklichen Äons auf der Erde leben werden.
1379 baute die Mutter von Tsongkhapa mit Hilfe anderer gläubiger Ortsansässiger einen kleinen Tempel um diesen Baum herum, der heute noch steht. Dies war der erste Tempel in Kumbum. 1481 bauten die Adligen und Nomaden des Kokonor-Gebiets einen größeren Tempel, um beim heiligen Baum Opfergaben darzubringen. 1560 baute der Meditierende Rinchen-Tsöndru-Gyaltsen (tib. Rin-chen brtson-‘grus rgyal-mtshan) dort ein kleines Kloster Namens Gonpalung (tib. dGon-pa lung), dass der intensiven Meditationspraxis gewidmet war. Anfänglich waren dort gleichzeitig nur jeweils sieben Mönche, doch bald wurde es ausgebaut, so dass genug Platz für fünfzehn war.
1576 lud Altan Khan (1507-1583) von den Tumed-Mongolen den zukünftigen Dritten Dalai Lama, Sönam-Gyatso, dazu ein, den Buddhismus in die Mongolei zu bringen. Zu dieser Zeit wurde Sönam-Gyatso „Gyalwa Rinpoche“ (tib. rGyal-ba Rin-po-che) oder „Drepung Tulku“ (tib. ‘Bras-spungs sPrul-sku) genannt. Er war der dritte in der ersten Reinkarnationslinie der Gelug-Tradition. Nachdem Altan Khan den Buddhismus angenommen hatte, gab er Gyalwa Sönam-Gyatso den Titel Dalai Lama. „Dalai“ ist die mongolische Übersetzung von „Gyatso,“ was „Ozean“ bedeutet. So wurde Gyalwa Sönam-Gyatso zum Dritten Dalai Lama.
Auf seinem Weg zur Begegnung mit Altan Khan in der Nähe von Kokonor, rastete Gyalwa Sönam-Gyatso im abgelegenen Retreatzentrum am heiligen Baum, der den Ort markierte, an dem Tsongkhapa geboren wurde. Er bat Rinchen-Tsondrü-Gyaltsen darum, an diesem Ort ein größeres Kloster zu bauen und ernannte ihn zum leitenden Lama. Das Kloster wurde 1583 fertiggestellt und es wurde die Tradition eines jährlichen Gebetsfestivals (tib. sMon-lam) begonnen, wie es in Lhasa bereits getan wurde.
Das neue Kloster wurde Kumbum Jampa-Ling genannt. „Kumbum“ bedeutet 100,000 erleuchtende Körper Buddhas. Der Name leitet sich ab von den 100,000 Bildern von Buddha Sinhanada auf den Blättern des heiligen Sandelholzbaumes. „Jampa-Ling“ bedeutet „Kloster des Maitreya.“ Dies bezieht sich auf den Maitreya-Tempel, den Rinchen-Tsondrü-Gyaltsen rechts von dem kostbaren Baum erbaute. Außerdem wird Tsongkhapa seiner Natur nach als untrennbar von Buddha Maitreya angesehen, und alle spirituellen Praktiken, die man an diesem Ort unternimmt, sollen einen die Wiedergeburt im Reinen Land von Maitreya erlangen lassen.
Der erste Thronhalter von Kumbum war Duldzin Özer-Gyatso (tib. ‘Dul-‘dzin ‘Od-zer rgya-mtsho), der 1557 geboren wurde. 1603 machte der Vierte Dalai Lama, Yönten-Gyatso (tib. rGyal-ba Yon-tan rgya-mtsho) (1589-1616), in Kumbum eine Rast, als er aus der Mongolei, wo er geboren war, nach Zentraltibet reiste. Bei dieser Gelegenheit unterstrich der Dalai Lama die Notwendigkeit, eine Klosterabteilung zu gründen, die dem Studium gewidmet war und das Duldzin Özer-Gyatso der Leiter des gesamten Klosters werden solle. Beim Mönlam-Gebetsfestival im Jahre 1612 wurde Duldzin Özer-Gyatso als Abt von Kumbum inthronisiert. Er eröffnete das Debatten-College Palden Shedrubling Dratsang (tib. dPal-ldan bShad-grub gling Grva-tshang).
Kumbum hat vier monastische Colleges. Das größte davon ist das Debatten-College. Die meisten seiner Unterabteilungen benutzen die Lehrbücher von Jetsunpa Chökyi-Gyaltsen (tib. rJe-btsun-pa Chos-kyi rgyal-mtshan) (1469-1544), wie es im College Ganden Jangtse (tib. dGa’-ldan Byang-rtse Grva-tshang) und im College Sera Je (tib. Se-ra Byes Grva-tshang) bei Lhasa getan wird. Einige der Unterabteilungen folgen den Lehrbüchern von Künkyen Jamyang-Shaypa Ngawang-Tsondrü (tib. Kun-mkhyen ‘Jam-dbyangs bzhad-pa Ngag-dbang brtson-‘grus) (1648-1722), wie es auch das College Gomang (tib. sGo-mang Grva-tshang) des Klosters Drepung(tib. ‘Bras-spungs dGon-pa) und das Kloster Labrang (tib. Bla-brang dGon-pa) tun. Die höchsten Studientitel des Geshe Rabjampa (tib. dGe-bshes Rab-‘byams-pa) und des Geshe Sherampa (tib. dGe-bshes bShad-ram-pa) werden jährlich beim Mönlam-Gebetsfestival von Kumbum verliehen.
Das Tantra-College Gyü (tib. rGyud), das auch Sangngag Dechenling Datsang (tib. gSang-sngags bDe-chen gling Grva-tshang) genannt wird, wurde 1649 von Chöje Legpa-Gyatso (tib. Chos-rje Legs-pa rgya-mtsho) gegründet. Der Lehrplan folgt dem des Unteren Tantra-Colleges von Gyüme (tib. rGyud-smad Grva-tshang) in Lhasa. Nach einem Studium der wichtigsten Texte und Kommentare des Guhyasamaja- (tib. gSang-‘dus), Chakrasamvara- (tib. bDe-mchog) und des Vajrabhairava (tib. rDo-rje ‘jigs-byed)-Systems, erhalten die Mönche den Titel Geshe Ngagrampa (tib. dGe-bshes sNgags-ram-pa).
1711 baute Chusang Losang-Tenpay-Gyaltsen (tib. Chu-bzang Blo-bzang btsan-pa’i rgyal-mtshan) ein neues Tantra-College, das Ngagpa Dratsang (tib. sNgags-pa Grva-tshang). 1723 fügten die gemeinsam reitenden mandschurischen und chinesischen Armeen den vier großen Klöstern der Kokonor-Region – Kumbum, Gönlung (tib. dGon-lung dGon-pa), Serkog (tib. gSer-khog dGon-pa), und Chusang (tib. Chu-bzang dGon-pa) – ernste Schäden zu undzahlreiche Mönche flohen. Bald darauf bat der mandschurische Kommandant den Einundzwanzigsten Thronhalter, das neue Ngagpa Dratsang in ein Medizin-College umzuwandeln. Dem Wunsch wurde stattgegeben. Mehrere berühmte Ärzte wurden als Lehrkräfte eingesetzt und das Medizin-College Menpa Dratsang Sorig-Dargye-Shenpen-Norbuling (tib. sMan-pa Grva-tshang gSo-rig dar-rgyas gzhan-phen nor-bu gling) wurde 1725 eröffnet. In der Amtszeit des Zweiundzwanzigsten Thronhalters wurde es zu einem eigenen College. Die Ärzte, die hier ihr Studium abschlossen, erhielten den Titel Menrampa (tib. sMan-ram-pa).
Das Vierte College von Kumbum ist das Kalachakra-College, Dükor Dratsang Rigden Losal-Ling (tib. Dus-‘khor Grva-tshang Rigs-ldan Blo-gsal gling). Es wurde 1820 von Ngawang-Shedrub-Tenpay-Nyima (tib. Ngag-dbang bshad-grub bstan-pa’i nyi-ma) gegründet. Die Mönche in diesem College studieren auch Astrologie und erhalten beim Abschluss ihrer Studien den Titel Tsirampa (tib. rTsis-ram-pa).
Vor 1958 hatte Kumbum 3.600 Mönche. Heutzutage gibt es noch 400. Von diesen studieren 300 im Debatten-College, während sich die anderen gleichmäßig auf die anderen drei Colleges verteilen. Traditionell waren die meisten Kumbum-Mönche Amdo-Tibeter. Wie im Kloster Labrang handelte es sich bei die restlichen Mönchen um Mongolen aus der Äußeren Mongolei (tib. phyi-sog), der Inneren Mongolei (tib. smad-sog, nang-sog), um Kokonor-Mongolen (tib. stod-sog) aus der Amdo-Region östlich von Kumbum, um Monguoren (tib. hor-pa) aus der Amdo-Region nördlich von Kumbum, um Gelbe Yuguren (tib. yu-gur) aus Gansu (Kansu), um kalmückische Mongolen aus Xinjiang und um ethnische Chinesen.