El monasterio de Kumbum Jampaling (sKu-'bum Byams-pa gling) fue fundado en 1583 por el tercer Dalái Lama, Sonam Gyatso (rGyal-ba bSod-nams rgya-mtsho) (1543-1588). Fue construido en Amdo (A-mdo), cerca del lago Kokonor (mTsho-sngon), en el lugar donde Tsongkhapa (rJe Tsong-kha-pa Blo-bzang grags-pa) (1357-1419), el fundador de la tradición Gelug, había nacido. Fue profetizado en varios textos de los maestros Kadam (bKa'-gdams).
Una gota de sangre cayó del cordón umbilical de Tsongkhapa cuando lo cortaron después de su nacimiento. De esta gota creció un maravilloso árbol de sándalo blanco. Tiene un tronco muy ancho y 100.000 hojas, que nunca muda. En tibetano, el número 100.000 simplemente significa un número muy grande y no se entiende literalmente. En cada hoja hay una imagen del Buda Sinhanada (Seng-ge sgra). En la corteza de las ramas y el tronco están los diseños de las sílabas semillas y los instrumentos manuales de este buda. En el futuro, Tsongkhapa nacerá como Sinhanada, el undécimo buda de los 1.000 que honrarán la tierra durante este afortunado eón.
En 1379, la madre de Tsongkhapa, con la ayuda de los fieles locales, construyó un pequeño templo con una estupa alrededor de este árbol. Se mantiene hasta el día de hoy. Este fue el primer templo en Kumbum. En 1481, la nobleza y los nómadas de la región de Kokonor construyeron un templo más grande para hacer ofrendas al árbol sagrado. En 1560, el meditador Rinchen Tsondru Gyaltsen (Rin-chen brtson-'grus rgyal-mtshan) construyó allí un pequeño monasterio, llamado Gonpalung (dGon-pa lung), para la práctica intensiva de meditación. Al principio, tenía siete monjes a la vez, pero pronto se amplió hasta albergar a quince.
En 1576, Altan Khan (1507-1583) de los mongoles de Tumed, invitó al futuro tercer Dalái Lama, Sonam Gyatso, a llevar el budismo a Mongolia. En ese momento, Sonam Gyatso era conocido como Gyalwa Rinpoche (rGyal-ba Rin-po-che) o Drepung Tulku ('Bras-spungs sPrul-sku), la tercera encarnación de la primera línea de lamas encarnados en la tradición Gelug. Después de que Altan Khan adoptara el budismo, le dio a Gyalwa Sonam Gyatso el título de Dalái Lama. "Dalái" es la traducción mongola de "gyatso", que significa "océano". Así, Gyalwa Sonam Gyatso se convirtió en el tercer Dalái Lama.
En su camino para encontrarse con Altan Khan cerca de Kokonor, Gyalwa Sonam Gyatso se detuvo en el retiro aislado junto al árbol sagrado que marcaba el lugar donde había nacido Tsongkhapa. Pidió a Rinchen Tsondru Gyaltsen que construyera un monasterio más grande en este sitio y lo nombró lama principal. El monasterio se completó en 1583 y se inauguró un Festival de Oración anual (sMon-lam) como el que se celebra en Lhasa.
El nuevo monasterio se llamó Kumbum Jampaling. "Kumbum" significa 100.000 cuerpos iluminadores de buda. Lleva el nombre de las 100.000 imágenes del Buda Sinhanada en las hojas del árbol sagrado de sándalo. "Jampaling" significa "Claustro Maitreya". Esto se refiere al templo Maitreya construido por Rinchen Tsondru Gyaltsen a la derecha del precioso árbol. Además, Tsongkhapa se considera inseparable por naturaleza del Buda Maitreya, y se dice que cualquier práctica espiritual que uno realice en este sitio trae el renacimiento en la Tierra Pura de Maitreya.
El primer sustentador del trono de Kumbum fue Duldzin Ozer Gyatso ('Dul-'dzin 'Od-zer rgya-mtsho), nacido en 1557. En 1603, el Cuarto Dalái Lama, Yonten Gyatso (rGyal-ba Yon-tan rgya-mtsho) (1589-1616), se detuvo en Kumbum en el camino desde su Mongolia natal al Tíbet central. En ese momento, proclamó la necesidad de construir una división de estudios y de nombrar a Duldzin Ozer Gyatso como jefe de todo el monasterio. En el Festival de Oración Monlam de Kumbum de 1612, Duldzin Ozer Gyatso ascendió por primera vez al trono de Abad y abrió el Colegio de Debate, Palden Shedrubling Dratsang (dPal-ldan bShad-grub gling Grva-tshang).
Kumbum tiene cuatro colegios monásticos. El más grande es el Colegio de Debate. La mayoría de sus divisiones utilizan los libros de texto de Jetsunpa Chokyi Gyaltsen (rJe-btsun-pa Chos-kyi rgyal-mtshan) (1469-1544), como en los colegios de Ganden Jangtse (dGa'-ldan Byang-rtse Grva-tshang) y Sera Je (Se-ra Byes Grva-tshang) cerca de Lhasa. Algunas de las divisiones siguen los libros de texto de Kunkyen Jamyang Zhepa Ngawang Tsondru (Kun-mkhyen 'Jam-dbyangs bzhad-pa Ngag-dbang brtson-'grus) (1648-1722), como en el Colegio Gomang (sGo-mang Grva-tshang) del Monasterio de Drepung ('Bras-spungs dGon-pa) y del Monasterio de Labrang (Bla-brang dGon-pa). Los grados más altos de Gueshe Rabjampa (dGe-bshes Rab-'byams-pa) y Gueshe Sherampa (dGe-bshes bShad-ram-pa) se otorgan cada año en el Festival de la Oración Kumbum Monlam.
El Colegio Tántrico, Gyu (rGyud) o Sang-ngag Dechenling Dratsang (gSang-sngags bDe-chen gling Grva-tshang), fue fundado por Choje Legpa Gyatso (Chos-rje Legs-pa rgya-mtsho) en 1649. El plan de estudios sigue el del Colegio Tántrico Inferior Gyume (rGyud-smad Grva-tshang) de Lhasa. Después de estudiar los principales textos y comentarios de los sistemas Guhyasamaja (gSang-'dus), Chakrasamvara (bDe-mchog) y Vajrabhairava (rDo-rje 'jigs-byed), los monjes reciben el grado de Gueshe Ngagrampa (dGe-bshes sNgags-ram-pa).
En 1711, Chuzang Losang Tenpe Gyaltsen (Chu-bzang Blo-bzang btsan-pa'i rgyal-mtshan) construyó un nuevo Colegio Tántrico, Ngagpa Dratsang (sNgags-pa Grva-tshang). En 1723, los ejércitos manchú y chino combinados dañaron gravemente los cuatro grandes monasterios de la región de Kokonor: Kumbum, Gonlung (dGon-lung dGon-pa), Serkog (gSer-khog dGon-pa) y Chuzang (Chu-bzang dGon-pa) – y muchos monjes huyeron. Poco después, el comandante manchú pidió al vigésimo primer sustentador del trono que convirtiera el nuevo Ngagpa Dratsang en una facultad de medicina, y así se hizo. Con el nombramiento de varios médicos famosos, en 1725 se inauguró la Facultad de Medicina, Menpa Dratsang Sorig Dargye Zhenpen Norbuling (sMan-pa Grva-tshang gSo-rig dar-rgyas gzhan-phen nor-bu gling), que se convirtió en una facultad independiente durante la época del vigésimo segundo sustentador del trono. Los médicos graduados reciben el título de Menrampa (sMan-ram-pa).
El cuarto colegio en Kumbum es el Colegio Kalachakra, Dukor Dratsang Rigden Loseling (Dus-'khor Grva-tshang Rigs-ldan Blo-gsal gling). Fue fundado en 1820 por Ngawang Shedrub Tenpe Nyima (Ngag-dbang bshad-grub bstan-pa'i nyi-ma). Los monjes de este colegio también estudian astrología y reciben el título de Tsirampa (rTsis-ram-pa) al finalizar su educación.
Antes de 1958, Kumbum tenía 3.600 monjes. En la actualidad hay 400. De ellos, 300 están en el Colegio de Debate y el resto se distribuyen equitativamente entre los otros tres colegios. Tradicionalmente, la mayoría de los monjes Kumbum han sido tibetanos de Amdo. Al igual que en el monasterio de Labrang, el resto han sido mongoles de Mongolia exterior (phyi-sog), mongoles de Mongolia interior (smad-sog, nang-sog), mongoles de Kokonor (stod-sog) de la región de Amdo al este de Kumbum, mongoles (hor- pa) de la región de Amdo al norte de Kumbum, yugur amarillos (yu-gur) de Gansu (Kansu), mongoles calmucos de Xinjiang y chinos étnicos.