喀喇汗帝國建立
840年柯爾克孜人取代鄂爾渾回鶻突厥的統治。後者被逐出蒙古里亞，也喪失了對首都斡爾朵八里近郊的大地女神聖山烏都鞬的擁有權。根據古突厥人佛教前和摩尼教前的騰格里崇拜信仰，誰擁有這座聖山誰就在理論上擁有對整個突厥世界的統治權，也只有他及其後代具有稱可汗的神聖權力，也只有他的部落能向其他突厥部落提供領袖。這一神力代表了居於這一聖山地區整個突厥諸民族的命運，也代表了可汗自身之成功或者失敗的強大生命力和個人魅力。
兩個較大的王國統治者都是流亡的回鶻人：塔里木盆地北部的高昌回鶻人和甘肅走廊的黃頭回鶻。兩個王國的疆域都沒有延及到蒙古里亞，因此二者都無權擁有可汗這一宗教 – 政治稱號。統治蒙古里亞的柯爾克孜人也無權享有此稱號，因為柯爾克孜人就種族而言屬於蒙古民族，最初也並非講突厥語；他們是來自西伯利亞森林、而非來自草原的民族，他們也不尊奉烏都鞬的神聖性。
還有位於現在吉爾吉斯斯坦北部伊薩克湖附近楚河地區的第二座聖山巴拉薩袞。西突厥人控制該山，並在山坡上建立了數座佛教寺院。該山當時在葛邏祿突厥人版圖內，因此葛邏祿統治者必勒格-庫勒-噶迪爾在840年自稱“可汗” – 合法的諸突厥部落統治者和保護人，並將王朝改名為喀喇汗。
喀喇汗國建立不久就分裂為二。西部汗國擁有位於怛邏斯河地區的首都塔拉茲（曾用名江布爾）、包括東南地區的城邦喀什噶爾、越過天山山脈直到塔里木盆地最西端地區；東部汗國向北越過吉爾吉斯山、以楚河地區聖山巴拉薩袞為中心。
喀喇汗人和回鶻人的關係
儘管此前曾作為葛邏祿人多次發動戰爭，但喀喇汗人在整個統治期間（840 – 1137年）從未發動針對此前統治他們的回鶻人的軍事行動。四個鄂爾渾回鶻逃亡者社團中兩個很小，定居在喀喇汗國境內喀什噶爾和楚河河谷一帶。他們在多大程度上被同化，抑或維護自己作為有區別特徵的少數民族現在已不得而知。但是，喀喇汗人和其餘兩個較大的鄂爾渾回鶻社團、即高昌回鶻人和黃頭回鶻保持著文化對抗。喀喇汗人試圖運用其它的非軍事手段駕凌其上。
塔里木盆地北部綠洲的高昌回鶻已經高度城市化。他們已經捐棄了早期草原上的尚武傳統而皈依佛教。絕大多數情況下，他們和周邊的王國和平共處。甘肅走廊諸城邦的黃頭回鶻也已經城市化、成為佛教徒，但和周邊構成長期威脅的鄰國戰事頻仍。這兩支回鶻人都和中原關係友好，因為當地的漢人幫助他們推翻了藏人的統治並建立了王國。
當時，這兩支回鶻人共同組成了一個擁有文字、文化發達的突厥族群，而這些是他們在王國境內粟特商人和僧人幫助下實現的。儘管治下的喀什噶爾也有粟特人，喀喇汗人卻缺乏這種品質。但是，擁有了巴拉薩袞，他們就強有力地擁有了領導所有突厥人的資格。
喀喇汗人和藏人的早期聯繫
和此前的西突厥人一樣，喀喇汗人保持了葛邏祿人信奉的一種佛教、突厥薩滿教和騰格里崇拜混合形式的信仰。他們也和此前有過長期聯盟的土蕃繼續保持友好關係。土蕃儘管政治上已經衰微，但很快對喀喇汗國東部地區產生了很強的文化影響。朗達瑪842年遭暗殺後的一個世紀，藏語是從于闐到甘肅的商業和外交用語。由於藏人曾長期佔據這些地區，藏語也成為這一地區唯一的通用語。許多漢文和回鶻文佛教經典被翻譯成藏文以供廣泛使用，其中有些甚至得到柯爾克孜王室資助。
喀喇汗人和藏人關係密切的另一證明是，朗達瑪禁佛後，為了逃避迫害，有三名中部土蕃僧人穿越西部土蕃到喀喇汗人治下的喀什噶爾得到暫時庇護。喀喇汗人對他們的困境深表同情，而喀什噶爾的佛教形勢穩定、使他們有安全感。他們繼續東行，很可能沿著塔里木盆地南緣到甘肅向當地的同胞講授佛法。最終，他們抵達土蕃東北的青海湖地區。不久宗喀王國建立。他們肩負了僧侶傳承的存續，保障了一個半世紀後從宗喀地區開始的土蕃中部的佛教復興。
薩法爾王國
819年，塔希爾將軍在大夏建立塔希爾王朝後，第二個宣佈在阿拔斯帝國治下實行自治的地方伊斯蘭教首領是雅庫布·本·薩法爾，他在伊朗東南部的根據地錫斯坦創立了薩法爾王朝（861 – 910年），建立了極富軍事野心的統治。薩法爾人自867年開始征服伊朗全境；870年，入侵喀布爾。軍事失利迫在眉睫，婆羅門大臣卡拉取代了信奉佛教的末代突厥沙希統治者。卡拉將喀布爾丟棄給薩法爾人，在犍陀羅和烏金建立了印度沙希王朝（870 – 1015年）。
薩法爾統治者劫掠了喀布爾谷地的佛教寺院，並將佛像作為戰利品送給巴格達的阿拔斯哈里發。穆斯林這次對喀布爾的軍事佔領是當地佛教遭遇的第一次嚴重打擊。此前，815年喀布爾沙的失敗和皈依伊斯蘭教對這一地區佛教的總體地位影響甚微。
薩法爾人向北繼續征服和破壞。873年，他們奪取大夏、驅逐了塔希爾人。然而，薩法爾人的輝煌也是短命的。879年，印度沙希重新取得喀布爾地區。印度沙希支持當地的印度教和佛教，佛教在整個地區得以復興。
喀布爾的佛教寺院很快恢復了往昔的富庶和輝煌。1048年，阿薩德·圖西在其《史詩》中描述了伽色尼人大約在五十年前從印度沙希手中取得喀布爾後建造的蘇毘訶羅寺院。其中一座廟宇有大理石牆壁、鍍金門扇、銀質地板，金質佛陀端居中央王位。牆面上飾以行星和黃道十二宮的符號，和數世紀前伊朗薩珊王宮中中央宮殿泰錫斯的楚爾凡風格一致。
薩曼王朝和布義德王朝
與此同時，布哈拉和撒馬爾罕的波斯總督們也宣布脫離阿拔斯人而自治，並建立了薩曼王朝（874 – 999年）。892年，薩曼王朝開國者伊斯梅爾·本·艾哈麥德（統治時期874 – 907年）奪取了西喀喇汗國首都塔拉茲，迫使其統治者烏古勒恰克遷都喀什噶爾。接著在903年，伊斯梅爾·本·艾哈麥德從薩法爾人手中取得大夏，迫使其嚴苛的統治者退回伊朗中部。
薩曼人文化上推行回歸伊朗傳統，但政治上保持對阿拉伯人的忠誠。他們首先採用阿拉伯文字書寫波斯語，在波斯文學發展上也多有樹建。在薩曼人統治達到鼎盛的納賽爾二世（統治時期913 – 942年）時期，大夏和粟特一片昇平、文化發達。
薩曼人屬遜尼派，但納賽爾二世對什葉派和易司瑪儀派也懷有好感。這一時期，佛陀雕像在薩曼王朝首都布哈拉加工出售，這表明他也寬容佛教。薩曼人甚至對深受迫害的摩尼什葉派也抱有同情，後者當中許多人在薩曼人統治期間得到庇護。
瑣羅亞斯德教徒是唯一不受歡迎的群體。這一宗教也是薩曼王朝開國者皈依伊斯蘭教前所信奉的宗教。936年，該派教徒大批遷移到印度，經由海路到達古吉拉特。他們在那裡被稱為帕西人。此後不久，納賽爾二世的繼任者努哈·本·納賽爾（統治時期943 – 954年）對伊斯蘭教易司瑪儀派大肆迫害。
這一時期，巴格達的阿拔斯哈里發日漸勢微。910年薩法爾王朝滅亡不久，布義德人在幾乎整個伊朗境內建立了王朝統治（932 – 1062年）。布義德人屬什葉派，他們在統治期間有效控制著巴格達哈里發。但是，他們繼續支持阿拔斯人對域外文化的興趣，在科學方面尤其如此。970年，在巴格達一群被稱為“精誠兄弟會”者出版了多達五十卷本的百科全書，內容涵蓋當時所有學科領域，包括譯自希臘語、波斯語和印度語的各種材料。
契丹帝國
與此同時，滿洲西南部崛起了另一個重要帝國，其後來對中亞的權力平衡影響甚鉅。這是一個契丹人的帝國。907年，即唐朝覆滅後一年，阿保機（872 – 926年）統一了滿洲所有契丹部落並自號“可汗”。契丹人信奉一種漢地佛教、朝鮮佛教以及本民族薩滿教混合的信仰。阿保機902年已經建了一座契丹佛教寺廟，917年，他宣布佛教為國教。
契丹人是已知的第一支操蒙古語族的民族。他們文明程度很高，金屬加工技術尤其出眾。為了給自己的民族保持一種獨立的身份，920年，阿保機下令為契丹語創制了文字。該文字模仿漢字而成，但遠比後者復雜。在以後數世紀中，該文字成為金人（女真人）和唐古特人書寫系統的基礎。
924年，阿保機推翻柯爾克孜人的統治、征服蒙古里亞。阿保機心胸寬廣，鄂爾渾回鶻人撤離後，他對留居當地的摩尼教徒和聶斯托里教徒持寬容態度。阿保機還將宗主權擴大到甘肅走廊及塔里木盆地北部。這些地區的黃頭回鶻和高昌回鶻和平歸順、成為附庸。925年，阿保機採用回鶻文作為更簡便的第二種契丹文字（契丹小字）。他甚至邀請兩個回鶻人群體返歸他們的草原故土。然而，由於已經很好地適應了定居的城市生活、也可能出於對契丹人在他們撤離駐地後完全佔領絲綢之路的擔心，回鶻人和黃頭回鶻人都拒絕了。
契丹帝國迅速多方位擴張，很快囊括了整個滿洲、部分朝鮮北部、中原東北及北部地區。阿保機的繼任者宣布國號大遼（947 – 1125年），成為中原北宋王朝（960 – 1126年）的長期競爭者和敵手。後者成功地重新統一了分裂達半個世紀之久的中國其餘地區。
儘管佔領中原地區的契丹貴族在很大程度上被漢化，但是中原地區以外的契丹人仍然保持著自身的風俗和文化特徵。契丹統治者一直將朝廷和軍事中心置於滿洲西南地區。他們對儒家禮儀只敷衍以口惠，強調摻雜了固有的薩滿信仰的佛教形式。佛教價值觀念逐漸佔據了主導。史載契丹王室最後一次人祭發生在983年。1039年，契丹皇帝興宗接受佛教戒律。1043年，他禁止以牛馬殉葬。
早在建國以前數世紀，契丹人就熟悉漢人佛教形式；也由於能夠得到浩瀚的漢文版佛經，漢文明作為影響契丹社會的外來文明很快使回鶻文化因素黯然失色。高昌回鶻和黃頭回鶻日漸感到被疏離。最終，雖然和宗主國大遼保持著外交和貿易關係，上述二者也努力尋求更為自治的道路。然而或許出於很多原因，他們並沒有起兵反叛。契丹人擁有軍事優勢。回鶻人和黃頭回鶻不僅不能戰勝契丹人，反之還有可能喪失前者對他們的保護。再者，這兩個回鶻人群體儘管已經皈依佛教，但無疑仍然對契丹治下蒙古里亞的聖山烏都犍有所駐目，不希望與此完全失去聯繫。回鶻佛教與其古突厥前身和同期的契丹佛教形式一樣，也混合了騰格里崇拜和薩滿教成分。