喀喇汗帝国建立
840年柯尔克孜人取代鄂尔浑回鹘突厥的统治。后者被逐出蒙古里亚，也丧失了对首都斡尔朵八里近郊的大地女神圣山乌都鞬的拥有权。根据古突厥人佛教前和摩尼教前的腾格里崇拜信仰，谁拥有这座圣山谁就在理论上拥有对整个突厥世界的统治权，也只有他及其后代具有称可汗的神圣权力，也只有他的部落能向其他突厥部落提供领袖。这一神力代表了居于这一圣山地区整个突厥诸民族的命运，也代表了可汗自身之成功或者失败的强大生命力和个人魅力。
两个较大的王国统治者都是流亡的回鹘人：塔里木盆地北部的高昌回鹘人和甘肃走廊的黄头回鹘。两个王国的疆域都没有延及到蒙古里亚，因此二者都无权拥有可汗这一宗教 – 政治称号。统治蒙古里亚的柯尔克孜人也无权享有此称号，因为柯尔克孜人就种族而言属于蒙古民族，最初也并非讲突厥语；他们是来自西伯利亚森林、而非来自草原的民族，他们也不尊奉乌都鞬的神圣性。
还有位于现在吉尔吉斯斯坦北部伊萨克湖附近楚河地区的第二座圣山巴拉萨衮。西突厥人控制该山，并在山坡上建立了数座佛教寺院。该山当时在葛逻禄突厥人版图内，因此葛逻禄统治者必勒格-库勒-噶迪尔在840年自称“可汗” – 合法的诸突厥部落统治者和保护人，并将王朝改名为喀喇汗。
喀喇汗国建立不久就分裂为二。西部汗国拥有位于怛逻斯河地区的首都塔拉兹（曾用名江布尔）、包括东南地区的城邦喀什噶尔、越过天山山脉直到塔里木盆地最西端地区；东部汗国向北越过吉尔吉斯山、以楚河地区圣山巴拉萨衮为中心。
喀喇汗人和回鹘人的关系
尽管此前曾作为葛逻禄人多次发动战争，但喀喇汗人在整个统治期间（840 – 1137年）从未发动针对此前统治他们的回鹘人的军事行动。四个鄂尔浑回鹘逃亡者社团中两个很小，定居在喀喇汗国境内喀什噶尔和楚河河谷一带。他们在多大程度上被同化，抑或维护自己作为有区别特征的少数民族现在已不得而知。但是，喀喇汗人和其余两个较大的鄂尔浑回鹘社团、即高昌回鹘人和黄头回鹘保持着文化对抗。喀喇汗人试图运用其它的非军事手段驾凌其上。
塔里木盆地北部绿洲的高昌回鹘已经高度城市化。他们已经捐弃了早期草原上的尚武传统而皈依佛教。绝大多数情况下，他们和周边的王国和平共处。甘肃走廊诸城邦的黄头回鹘也已经城市化、成为佛教徒，但和周边构成长期威胁的邻国战事频仍。这两支回鹘人都和中原关系友好，因为当地的汉人帮助他们推翻了藏人的统治并建立了王国。
当时，这两支回鹘人共同组成了一个拥有文字、文化发达的突厥族群，而这些是他们在王国境内粟特商人和僧人帮助下实现的。尽管治下的喀什噶尔也有粟特人，喀喇汗人却缺乏这种品质。但是，拥有了巴拉萨衮，他们就强有力地拥有了领导所有突厥人的资格。
喀喇汗人和藏人的早期联系
和此前的西突厥人一样，喀喇汗人保持了葛逻禄人信奉的一种佛教、突厥萨满教和腾格里崇拜混合形式的信仰。他们也和此前有过长期联盟的土蕃继续保持友好关系。土蕃尽管政治上已经衰微，但很快对喀喇汗国东部地区产生了很强的文化影响。朗达玛842年遭暗杀后的一个世纪，藏语是从于阗到甘肃的商业和外交用语。由于藏人曾长期占据这些地区，藏语也成为这一地区唯一的通用语。许多汉文和回鹘文佛教经典被翻译成藏文以供广泛使用，其中有些甚至得到柯尔克孜王室资助。
喀喇汗人和藏人关系密切的另一证明是，朗达玛禁佛后，为了逃避迫害，有三名中部土蕃僧人穿越西部土蕃到喀喇汗人治下的喀什噶尔得到暂时庇护。喀喇汗人对他们的困境深表同情，而喀什噶尔的佛教形势稳定、使他们有安全感。他们继续东行，很可能沿着塔里木盆地南缘到甘肃向当地的同胞讲授佛法。最终，他们抵达土蕃东北的青海湖地区。不久宗喀王国建立。他们肩负了僧侣传承的存续，保障了一个半世纪后从宗喀地区开始的土蕃中部的佛教复兴。
萨法尔王国
819年，塔希尔将军在大夏建立塔希尔王朝后，第二个宣布在阿拔斯帝国治下实行自治的地方伊斯兰教首领是雅库布·本·萨法尔，他在伊朗东南部的根据地锡斯坦创立了萨法尔王朝（861 – 910年），建立了极富军事野心的统治。萨法尔人自867年开始征服伊朗全境；870年，入侵喀布尔。军事失利迫在眉睫，婆罗门大臣卡拉取代了信奉佛教的末代突厥沙希统治者。卡拉将喀布尔丢弃给萨法尔人，在犍陀罗和乌金建立了印度沙希王朝（870 – 1015年）。
萨法尔统治者劫掠了喀布尔谷地的佛教寺院，并将佛像作为战利品送给巴格达的阿拔斯哈里发。穆斯林这次对喀布尔的军事占领是当地佛教遭遇的第一次严重打击。此前，815年喀布尔沙的失败和皈依伊斯兰教对这一地区佛教的总体地位影响甚微。
萨法尔人向北继续征服和破坏。873年，他们夺取大夏、驱逐了塔希尔人。然而，萨法尔人的辉煌也是短命的。879年，印度沙希重新取得喀布尔地区。印度沙希支持当地的印度教和佛教，佛教在整个地区得以复兴。
喀布尔的佛教寺院很快恢复了往昔的富庶和辉煌。1048年，阿萨德·图西在其《史诗》中描述了伽色尼人大约在五十年前从印度沙希手中取得喀布尔后建造的苏毗诃罗寺院。其中一座庙宇有大理石墙壁、镀金门扇、银质地板，金质佛陀端居中央王位。墙面上饰以行星和黄道十二宫的符号，和数世纪前伊朗萨珊王宫中中央宫殿泰锡斯的楚尔凡风格一致。
萨曼王朝和布义德王朝
与此同时，布哈拉和撒马尔罕的波斯总督们也宣布脱离阿拔斯人而自治，并建立了萨曼王朝（874 – 999年）。892年，萨曼王朝开国者伊斯梅尔·本·艾哈麦德（统治时期874 – 907年）夺取了西喀喇汗国首都塔拉兹，迫使其统治者乌古勒恰克迁都喀什噶尔。接着在903年，伊斯梅尔·本·艾哈麦德从萨法尔人手中取得大夏，迫使其严苛的统治者退回伊朗中部。
萨曼人文化上推行回归伊朗传统，但政治上保持对阿拉伯人的忠诚。他们首先采用阿拉伯文字书写波斯语，在波斯文学发展上也多有树建。在萨曼人统治达到鼎盛的纳赛尔二世（统治时期913 – 942年）时期，大夏和粟特一片升平、文化发达。
萨曼人属逊尼派，但纳赛尔二世对什叶派和易司玛仪派也怀有好感。这一时期，佛陀雕像在萨曼王朝首都布哈拉加工出售，这表明他也宽容佛教。萨曼人甚至对深受迫害的摩尼什叶派也抱有同情，后者当中许多人在萨曼人统治期间得到庇护。
琐罗亚斯德教徒是唯一不受欢迎的群体。这一宗教也是萨曼王朝开国者皈依伊斯兰教前所信奉的宗教。936年，该派教徒大批迁移到印度，经由海路到达古吉拉特。他们在那里被称为帕西人。此后不久，纳赛尔二世的继任者努哈·本·纳赛尔（统治时期943 – 954年）对伊斯兰教易司玛仪派大肆迫害。
这一时期，巴格达的阿拔斯哈里发日渐势微。910年萨法尔王朝灭亡不久，布义德人在几乎整个伊朗境内建立了王朝统治（932 – 1062年）。布义德人属什叶派，他们在统治期间有效控制着巴格达哈里发。但是，他们继续支持阿拔斯人对域外文化的兴趣，在科学方面尤其如此。970年，在巴格达一群被称为“精诚兄弟会”者出版了多达五十卷本的百科全书，内容涵盖当时所有学科领域，包括译自希腊语、波斯语和印度语的各种材料。
契丹帝国
与此同时，满洲西南部崛起了另一个重要帝国，其后来对中亚的权力平衡影响甚巨。这是一个契丹人的帝国。907年，即唐朝覆灭后一年，阿保机（872 – 926年）统一了满洲所有契丹部落并自号“可汗”。契丹人信奉一种汉地佛教、朝鲜佛教以及本民族萨满教混合的信仰。阿保机902年已经建了一座契丹佛教寺庙，917年，他宣布佛教为国教。
契丹人是已知的第一支操蒙古语族的民族。他们文明程度很高，金属加工技术尤其出众。为了给自己的民族保持一种独立的身份，920年，阿保机下令为契丹语创制了文字。该文字模仿汉字而成，但远比后者复杂。在以后数世纪中，该文字成为金人（女真人）和唐古特人书写系统的基础。
924年，阿保机推翻柯尔克孜人的统治、征服蒙古里亚。阿保机心胸宽广，鄂尔浑回鹘人撤离后，他对留居当地的摩尼教徒和聂斯托里教徒持宽容态度。阿保机还将宗主权扩大到甘肃走廊及塔里木盆地北部。这些地区的黄头回鹘和高昌回鹘和平归顺、成为附庸。925年，阿保机采用回鹘文作为更简便的第二种契丹文字（契丹小字）。他甚至邀请两个回鹘人群体返归他们的草原故土。然而，由于已经很好地适应了定居的城市生活、也可能出于对契丹人在他们撤离驻地后完全占领丝绸之路的担心，回鹘人和黄头回鹘人都拒绝了。
契丹帝国迅速多方位扩张，很快囊括了整个满洲、部分朝鲜北部、中原东北及北部地区。阿保机的继任者宣布国号大辽（947 – 1125年），成为中原北宋王朝（960 – 1126年）的长期竞争者和敌手。后者成功地重新统一了分裂达半个世纪之久的中国其余地区。
尽管占领中原地区的契丹贵族在很大程度上被汉化，但是中原地区以外的契丹人仍然保持着自身的风俗和文化特征。契丹统治者一直将朝廷和军事中心置于满洲西南地区。他们对儒家礼仪只敷衍以口惠，强调掺杂了固有的萨满信仰的佛教形式。佛教价值观念逐渐占据了主导。史载契丹王室最后一次人祭发生在983年。1039年，契丹皇帝兴宗接受佛教戒律。1043年，他禁止以牛马殉葬。
早在建国以前数世纪，契丹人就熟悉汉人佛教形式；也由于能够得到浩瀚的汉文版佛经，汉文明作为影响契丹社会的外来文明很快使回鹘文化因素黯然失色。高昌回鹘和黄头回鹘日渐感到被疏离。最终，虽然和宗主国大辽保持着外交和贸易关系，上述二者也努力寻求更为自治的道路。然而或许出于很多原因，他们并没有起兵反叛。契丹人拥有军事优势。回鹘人和黄头回鹘不仅不能战胜契丹人，反之还有可能丧失前者对他们的保护。再者，这两个回鹘人群体尽管已经皈依佛教，但无疑仍然对契丹治下蒙古里亚的圣山乌都犍有所驻目，不希望与此完全失去联系。回鹘佛教与其古突厥前身和同期的契丹佛教形式一样，也混合了腾格里崇拜和萨满教成分。