أَسَّس ديرَ ناليندرا في إقليم بينبو وسط التبت عام ١٤٢٥ م معلم الساكيا العظيم: رونغتون شيجا-كونريغ (١٣٦٧ – ١٤٥٩ م) وتابِعُه كونكيين تاشي-نامغيال، وكان تحديد المكان الملائم للدير على الأرض متطابقًا بشكل كامل مع قواعد التنبؤ برمي التراب التبتي، وقد طورت الملكة الصينية زوجة الملك التبتي: سونغتسين-غامبو (٦٢٩ – ٧١٠ م) هذا العلم من نظام التنبؤ برمي التراب الصيني المجلوب إلى التبت.
كان لدى دير ناليندرا أربع كليات، وهي: تونغمون، ودوكور (كالاتشاكرا)، وتسيغياي، وتسيشي، و٤٥ قسمًا، و١٥٠٠ راهب تقريبًا. وقد اعتمد منهج الدراسة على سلالتين: سلالة معلمي الساكيا الثلاثة البيض والاثنين الأحمرين، وسلالة نغوغ لوتساوا لودين-شيراب (١٠٥٩ – ١١٠٩ م). المعلمون البيض الثلاثة كانوا جميعًا رجال عاديين، وهم: ساتشين كونغا-نيينغبو (١٠٩٢ – ١١٥٨ م)، وسونام تسيمو (١١٤٢ – ١١٨٢ م)، ودراغبا-غيالتسين (١١٤٧ – ١٢١٦ م). أما المعلمان الأحمران فكانا الراهبين: ساكيا بانديتا كونغا-غيالتسين (١١٨٢ – ١٢٥١ م)، وتشوغيال باغبا (١٢٣٥ – ١٢٨٠ م).
وقد ازدهر دير ناليندرا خلال فترة تولي رؤساء الدير الخمسة الأوائل لمناصبهم، وزاد عدد الرهبان إلى أكثر من ٢٠٠٠ راهب، ثم تعرَّض الدير لنكسات كبيرة خلال فترة رئاسة رئيسَيِ الدير السادس والسابع، وتناقص عدد الرهبان بصورة كبيرة، مما جعل داغتشين لودرو- غيالتسين (١٤٤٤ – ١٤٩٥ م) يطلب في ساكيا تأدية بعض المراسم للتخلص من هذه العوائق، وبعد أن أقيمت المراسم عَيَّن داغتشين كوشانغ كيينراب-تشوجي رئيسًا ثامنًا لدير ناليندرا، ومنذ ذلك الوقت فصاعدًا لم يكن هناك أبدًا أقل من ٤٠٠ راهب في الدير، ويصل العدد أحيانًا إلى ٧٠٠ راهب.
الخطان الرئيسان للامات المتناسخين الذين اهتموا بالحاجات الروحية لدير ناليندرا هما: التشوغيي تريتشين رينبوتشيات، والزيموغ رينبوتشيات. فالتشوغيي تريتشين الحالي ( ولدم عام ١٩٢٠ م) هو رئيس تقليد تسار لساكيائيين، وقد أسَّس هذا التقليد تسارتشين لوسيل-غياتسو (١٥٠٢ – ١٥٦٦ م) في دير دار درانغموتشين في مقاطعة تسانغ وسط التبت، أما الدالاي لاما الخامس: نغاوانغ-لوزانغ-غياتسو (١٦١٧ – ١٦٨٢ م) فقد تلقَّى تعاليم لامدراي الساكيا: "الطريق ونتائجه" من غونبو سونام-تشوغدين، وهو معلم كيابداغ وانغتشوغ-رابتين، وتلميذ تسارتشين.
تعاليم لامدراي لها مستويان:
(١) التسوغشاي: وهي تفسيرات من أجل الجمعيات.
(٢) اللوبشاي: وهي تفسيرات من أجل الأتباع الخاصين.
وقد تلقَّى الدالاي لاما الخامس في الأساس المستوى الأخير، وكان ذا دور فعال في إبقائه ونشره.
وقد امتلك دير ناليندرا في فترته التالية كليتين: كلية تونغمون الأصلية لدراسات جدل السوترا، وكلية سانغتشين للتانترا. وقد أسَّس الكلية الأخيرة رينتشين-كيينتسي-وانغبو. وركَّز تدريب السوترا على النصوص الدينية العظيمة الثلاثة عشر، أما دراسة التانترا وممارستها فقد تركزت على الأنظمة التانترية الثلاثة عشر، والكالاتشاكرا والهيفاجرا، ومستوى لوبشاي لطريق اللامدراي ومراحله. وكانت تعاليم الساكيائيين الذهبية الثلاثة عشر أساسية فيما بينهم، وبجانب ما سبق فقد درس الرهبان أيضًا الطب وعلم التنجيم والنحو والفن الطقوسي والموسيقى.
وفي عام ١٩٥٩ م دمَّر الصينيون معظم دير ناليندرا، وقد احترق ما تبقى منه حتى تساوى بالأرض خلال الثورة الثقافية، ثم بدأت عملية إعادة البناء عام ١٩٨٠ م، ويعيش فيه حاليًّا ٤٠ راهبًا.