El monasterio de Nalendra (Na-len-dra dGon-pa) fue establecido en el distrito Penpo ('Phan-po) del Tíbet central en el año 1425 por el gran maestro Sakya Rongton Sheja Kunrig (Rong-ston Shes-bya kun-rig) (1367 -1459) y su discípulo Kunkyen Tashi Namgyal (Kun-mkhyen bKra-shis rnam-rgyal). La ubicación del monasterio en el terreno correspondía totalmente con las reglas de la geomancia tibetana. Esta ciencia se desarrolló a partir del sistema geomántico chino traído al Tíbet por la reina china del rey Songtsen Gampo (Srong-btsan sgam-po) (629-710).
Originalmente, Nalendra tenía cuatro colegios: los colegios Tongmon (mThong-smon), Dukor (Dus-'khor, Kalachakra), Tsegyay (Tshad-rgyas) y Tsezhi (Tshad-gzhi), 45 divisiones y aproximadamente 1500 monjes. El curso de estudio se basaba en dos linajes, el de los Tres Maestros Blancos y los Dos Rojos de Sakya (Sa-skya dkar-po rnam-gsum dmar-po rnam-gnyis) y el de Ngog Lotsawa Loden Sherab (rNgog Lo-tsa-ba Blo-ldan shes-rab) (1059-1109). Los Tres Maestros Blancos, todos laicos, fueron Sachen Kunga Nyingpo (Sa-chen Kun-dga' snying-po) (1092-1158), Sonam Tsemo (bSod-nams rtse-mo) (1142-1182) y Dragpa Gyaltsen (Grags-pa rgyal-mtshan) (1147-1216). Los Dos Maestros Rojos, ambos monjes, fueron Sakya Pandita Kunga Gyaltsen (Sa-pan Kun-dga' rgyal-mtshan) (1182-1251) y Chogyal Phagpa (Chos-rgyal 'Phags-pa) (1235-1280).
Durante el mandato de los primeros cinco abades, Nalendra floreció. La población de monjes creció a más de 2000. Posteriormente, durante la época del sexto y séptimo abades, surgieron grandes obstáculos para el monasterio, y el número de monjes disminuyó drásticamente. A Dagchen Lodro Gyaltsen (bDag-chen Blo-gros rgyal-mtshan) (1444-1495) en Sakya se le pidió que realizara ceremonias para eliminar los obstáculos. Después de cumplir con la solicitud, Dagchen nombró a Kuzhang Kyenrab Choje (sKu-zhang mKhyen-rab chos-rje) como el octavo abad de Nalendra. A partir de entonces, nunca hubo menos de 400 monjes en el monasterio, y en ocasiones hasta 700.
Las dos líneas principales de Lamas Encarnados que han atendido las necesidades espirituales de Nalendra han sido los Chogye Trichen Rinpoches (bCu-brgyad Khri-chen Rin-po-che) y los Zimog Rinpoches (Zi-mog Rin-po-che). El actual Chogye Trichen (n. 1920) es el líder de la Tradición Tsar (Tshar-lugs) de los Sakyas. Esta tradición se remonta a Tsarchen Losel Gyatso (Tshar-chen Blo-gsal rgya-mtsho) (1502-1566) del Monasterio Dar Drangmochen (Dar 'Phrang-mo chen dGon-pa) en la provincia central tibetana de Tsang (gTsang). El Quinto Dalái Lama, Ngawang Losang Gyatso (rGyal-dbang lnga-pa chen-po Ngag-dbang blo-bzang rgya-mtsho) (1617-1682), había recibido las enseñanzas Sakya “lamdre” (lam-‘bras) del "camino y sus resultados" de parte de Gonpo Sonam Chogden (mGon-po bSod-nams mchog-ldan), cuyo maestro, Kyabdag Wangchug Rabten (Khyab-bdag dBang-phyug rab-brtan), había sido discípulo de Tsarchen. Las enseñanzas de Lamdre tienen dos niveles, la "tsogshe" (tshogs-bshad) "explicación para las asambleas" y la "lobshe" (slob-bshad) "explicación para los discípulos privados". El Quinto Dalái Lama recibió principalmente las últimas y jugó un papel decisivo en su preservación y transmisión.
En su período posterior, el Monasterio Nalendra tenía solo dos universidades, la Universidad Tongmon original para estudios de debate de sutras y la Universidad Sangchen (gSang-chen Grva-tshang) para tantra. Esta última había sido fundada por Rinchen Khyentse Wangpo (Rin-chen mkhyen-brtse dbang-po). El entrenamiento de sutras se concentró en trece grandes textos de las escrituras. El estudio y la práctica del tantra se centraron en trece sistemas tántricos. Kalachakra, Hevajra, el nivel lobshe del Camino Lamdre y sus etapas, y las Trece Enseñanzas Doradas de los Sakyas (Sa-skya'i gser-chos bcu-gsum) fueron los principales entre ellos. Los monjes también estudiaban medicina, astrología, gramática y arte y música rituales.
En 1959, el monasterio Nalendra fue destruido en su mayor parte por los chinos. Lo que quedó fue quemado hasta los cimientos durante la Revolución Cultural. Su reconstrucción comenzó en 1980. Actualmente hay 40 monjes.