En el Tantra Raíz de Manjushri ('Jam-dpal rtsa-rgyud), el Buda había profetizado que un Monasterio Sakya haría que sus enseñanzas florecieran en la Tierra de las Nieves. El sitio de este monasterio también fue profetizado por Gurú Rinpoche Padmasambhava (Gur-ru Rin-po-che Pad-ma 'byung-gnas). Ya se habían construido varias estupas en la futura ubicación del monasterio, cuando Atisha (Jo-bo-rje dPal-ldan A-ti-sha) (982-1053) se detuvo allí en 1040. Vio en la ladera de la montaña una sílaba "Hrih", siete "Dhih" y un "Hung", y profetizó que una encarnación de Avalokiteshvara, siete de Manjushri y una de Vajrapani adornarían este sitio.
En 1073, Konchog Gyalpo (dKon-mchog rgyal-po) (1034-1102) de la familia Kon ('Khon) estableció el Monasterio Palden Sakya (dPal-ldan Sa-skya dGon-pa) en la provincia de Tsang (gTsang) del Tíbet Central. El monasterio, y posteriormente la tradición que fundó, debe su nombre al color del suelo de su ubicación. "Sakya" significa literalmente "tierra gris".
Después de que Kon Konchog Gyalpo completó sus estudios con maestros como el traductor Drogmi Lotsawa ('Brog-mi Lo-tsa-ba), desarrolló el fuerte deseo de establecer un monasterio. Eligió el sitio actual y preguntó a sus propietarios si podía ofrecerles algunas de las posesiones de su familia como pago por el terreno para construir el monasterio. Los propietarios rechazaron cualquier pago y le presentaron el terreno como ofrenda.
La sucesión de los Abades Sakya pasó de Kon Konchog Gyalpo a Bari Lotsawa (Ba-ri Lo-tsa-ba Rin-chen grags), y de él a través de la línea de los Cinco Patriarcas Sakya (Sa-skya gong-ma lnga), a saber, los Tres Maestros Blancos y Dos Rojos de Sakya (Sa-skya dkar-po rnam-gsum dmar-po rnam-gnyis). Los Tres Maestros Blancos eran todos laicos: Sachen Kunga Nyingpo (Sa-chen Kun-dga' snying-po) (1092-1158), Sonam Tsemo (bSod-nams rtse-mo) (1142-1182) y Dragpa Gyaltsen (Grags-pa rgyal-mtshan) (1147-1216). Los Dos Maestros Rojos eran monjes: Sakya Pandita Kunga Gyaltsen (Sa-pan Kun-dga' rgyal-mtshan) (1182-1251) y Chogyal Phagpa (Chos-rgyal 'Phags-pa) (1235-1280). Sakya Pandita llevó el budismo tibetano a Mongolia a petición de Godan Khan. Anteriormente, Chinggis Kan (Gengis Kan) había deseado invitar a Sakya Pandita, pero escribió que aún no era el momento adecuado ya que su trabajo no estaba terminado. Chogyal Phagpa fue el tutor imperial de Kublai Kan (Se-chen rGyal-po, Khublai Kan, Qublai Kan). Kublai, nieto de Chinggis, fue el fundador de la dinastía mongola Yuan de China (1280-1367).
Como ofrenda por haberle conferido el empoderamiento de Hevajra (Kyai-rdo), Kublai Kan entregó a Chogyal Phagpa el gobierno de los trece distritos (khri-skor bcu-gsum) del Tíbet. De 1265 a 1358, el Tíbet fue administrado por un Gran Ministro Ponchen (dPon-chen) en el Monasterio Sakya, bajo el cual sirvieron trece ministros de distrito Tripon (Khri-dpon), uno para cada distrito. El primer Ponchen fue Shakya Zangpo (Sha-kya bzang-po). Después de 1358, el gobierno del Tíbet pasó al clan Pagmodrupa (Phag-mo gru-pa), asociado con el linaje Kagyu, y el Monasterio Sakya volvió a su papel simplemente espiritual.
El curso de estudio de los sutras en el Monasterio Sakya comenzó con la memorización de textos. Si los monjes pasaban el examen de memorización, recibían el grado Kachupa (dKa'-bcu-pa) y se les permitía estudiar para convertirse en Gueshe (dGe-bshes). Este estudio abarcaba seis temas, que incluía dieciocho textos indios importantes, y se realizaba a través del debate. Al dominar estos temas, los monjes recibían el título de Gueshe Rabjampa (dGe-bshes rab-'byams-pa). Luego podían ingresar al Colegio Tántrico Dechenling (bDe-chen gling) para estudiar principalmente el Tantra de Hevajra (Kyai-rdo-rje). El título otorgado era Lama Bentsangpa (Bla-ma 'Ben-tshang-pa).
La tradición del tantra estudiada y practicada en el Monasterio Sakya deriva de los maestros indios de Drogmi Lotsawa, Naropa y Gayadhara. De este último, Drogmi Lotsawa recibió la transmisión de las enseñanzas "lamdre" (lam-'bras; camino y sus resultados) relativas al Tantra de Hevajra que derivaban de Virupa.
El Monasterio Sakya sufrió daños leves durante la Revolución Cultural China y su enorme biblioteca es una de las pocas que sobrevivió a la destrucción. Sin embargo, el curso de estudio y práctica en el monasterio se ha visto severamente restringido. En la India, las tradiciones del Monasterio Sakya han continuado en el Colegio Sakya de Rajpur, Himachal Pradesh. Fue fundado por el actual, cuadragésimo primer abad del monasterio Sakya y sustentador del trono Sakya, Sakya Trizin, Ngawang Kunga Tegchen Palbar Trinley Sampel Wanggi Gyalpo (Sa-skya Khri-'dzin Ngag-dbang kun-dga' theg-chen dpal-'bar 'phrin-las bsam-phel dbang-gi rgyal-po) (n. 1945).