Im Wurzeltrantra des Manjushri (tib. ‘Jam-dpal rtsa-rgyud) hatte Buddha prophezeit, dass ein Sakya-Kloster seine Lehren im Land des Schnees florieren lassen würde. Und der Ort, an dem dieses Kloster stehen würde, war von Guru Rinpoche Padmasambhava (tib. Gur-ru Rin-po-che Pad-ma ‘byung-gnas) vorausgesagt worden. Als Atisha (tib. Jo-bo-rje dPal-ldan A-ti-sha) (982-1053) bei seiner Durchreise im Jahre 1040 am zukünftigen Standort des Klosters eine Rast machte waren dort bereits mehrere Stupas gebaut worden. Atisha sah auf der Bergflanke eine „Hrih“-Silbe, sieben „Dhih“-Silben und ein „Hung“-Silbe. Daraufhin prophezeite er, dass in der Zukunft eine Inkarnation des Avalokiteshvaras, sieben Inkarnationen des Manjushris und eine Inkarnation des Vajrapanis diesen Ort beehren würden.
1073 gründete Könchog-Gyalpo (tib. dKon-mchog rgyal-po) (1034-1102) von der Familie der Kön (tib. ‘Khon) in der zentraltibetischen Provinz von Tsang (tib. gTsang) das Kloster Palden Sakya (tib. dPal-ldan Sa-skya dGon-pa). Das Kloster erhielt seinen Namen von der Farbe, die die Erde an diesem Standort hatte: „Sakya“ bedeutet wörtlich „graue Erde.“ Auf diesem Weg erhielt später auch die von Könchog-Gyalpo gegründete Tradition den Namen Sakya..
Kön Könchog-Gyalpos Wunsch, ein Kloster zu gründen war entstanden, nachdem er unter Meistern wie dem Übersetzer Drogmi Lotsawa (tib. ‘Brog-mi Lo-tsa-ba) seine Studien abgeschlossen hatte. Nachdem er den Ort gewählt hatte, an dem das Kloster auch heute noch steht, fragte er die Landbesitzer nach ihrem Preis und ob er ihnen etwas aus dem Besitz seines Vaters geben könne, um für den zukünftigen Klosterstandort zu bezahlen. Die Besitzer lehnten jegliche Bezahlung ab und schenkten ihm das Land.
Die Nachfolge der Äbte von Sakya ging von Kön Könchog-Gyelpo auf Bari Lotsawa (tib. Ba-ri Lo-tsa-ba Rin-chen grags), und von diesem weiter an die Linie der Fünf Sakya-Meister (tib. Sa-skya gong-ma lnga), die als die „Drei Weißen und die Zwei Roten Meister von Sakya“ (tib. Sa-skya dkar-po rnam-gsum dmar-po rnam-gnyis) bekannt sind. Die Drei Weißen Meister, Sachen Künga-Nyingpo (tib. Sa-chen Kun-dga’ snying-po) (1092-1158), Sönam-Tsemo (tib. bSod-nams rtse-mo) (1142-1182) und Dragpa-Gyaltsen (tib. Grags-pa rgyal-mtshan) (1147-1216) waren Laien. Die beiden Roten, Meister Sakya Pandita Künga-Gyaltsen (tib. Sa-pan Kun-dga’ rgyal-mtshan) (1182-1251) und Chögyal Pagpa (tib. Chos-rgyal ‘Phags-pa) (1235-1280) dagegen waren Mönche. Auf Anfrage von Godan Khan brachte Sakya Pandita den tibetischen Buddhismus in die Mongolei. Davor hatte bereits Dschingis Khan (Genghis Khan) den Sakya Pandita einladen wollen, hatte dann aber geschrieben, dass die Zeit nicht reif war, da er noch zuviel zu tun hatte. Chögyal Pagpa war der kaiserliche Lehrer von Kublai Khan (tib. Se-chen rGyal-po, Khublai Khan, Qublai Khan). Kublai, der Enkel von Chinggis, war der Gründer der mongolischen Yuan-Dynastie, die über China herrschte (1280-1367).
Als ein Dankesgabe dafür, dass er ihm die Ermächtigung von Hevajra (tib. Kyai-rdo) gegeben hatte, schenkte Kublai Khan dem Chögyal Pagpa die Herrschaft über dreizehn Distrikte (tib. khri-skor bcu-gsum) von Tibet. Von 1265 bis 1358 wurde Tibet von einem im Sakya-Kloster residierenden „Pönchen“ (tib. dPon-chen) d.h. „Großminister“ verwaltet, unter dem dreizehn „Tripön“ (tib. Khri-dpon), d.h. “Distrikt-Minister” standen – einer für jeden Distrikt. Der erste Pönchen war Shakya-Sangpo (tib. Sha-kya bzang-po). Nach 1358 ging die Herrschaft von Tibet an den Pagmodrupa-Klan (tib. Phag-mo gru-pa) über, der mit der Kagyü-Linie in Verbindung stand. Das Sakya-Kloster kehrte so zu seiner ausschließlich spirituellen Rolle zurück.
Der Sutra-Studienkurs im Sakya-Kloster begann mit dem Auswendiglernen von Texten. Wenn die Mönche das Examen im Auswendiglernen bestanden, erhielten sie den Abschluss Kachupa
(tib. dKa’-bcu-pa) und konnten weiterstudieren, um Geshe (tib. dGe-bshes) zu werden. Dieses Studium beinhaltete sechs Themen, bei denen achtzehn große indische Texte mithilfe der Debatte durchgenommen wurden. Nachdem sie diese Themen gemeistert hatten, erhielten die Mönche den Titel Geshe Rabjampa (tib. dGe-bshes rab-‘byams-pa). Dann konnten sie ins Tantra-College von Dechenling (tib. bDe-chen gling) eintreten, wo hauptsächlich das Hevajra Tantra (tib. Kyai-rdo-rje) studiert wurde. Der Abschluss, der hier verliehen wurde, war der „Lama Bentsangpa“ (tib. Bla-ma ‘Ben-tshang-pa).
Die Tantra-Tradition, die im Sakya-Kloster studiert und praktiziert wird, geht auf Drogmi Lotsawas indische Lehrer Naropa und Gayadhara zurück. Von letzterem erhielt Drogmi Lotsawa die Übertragung der Lehren des „Lamdre“ (tib. Lam-‘bras), des „Pfades und seiner Resultate“, die das Hevajra Tantra betreffen, dass sich von Virupa ableitet.
Das Sakya-Kloster wurde während der chinesischen Kulturrevolution wenig beschädigt und seine enorme Bibliothek ist eine der wenigen, die nicht zerstört wurden. Das Studium und die Praxis am Kloster wurden allerdings stark beschnitten. In Indien werden die Traditionen des Sakya-Klosters amSakya College in Rajpur (Himachal Pradesh) fortgeführt. Das College wurde von gegenwärtigen, einundvierzigsten Abt und Thronhalter von Sakya gegründet: Sakya Tridzin Ngawang-Künga-Tegchen-Palbar-Trinle-Sampel-Wanggi-Gyalpo (tib. Sa-skya Khri-‘dzin Ngag-dbang kun-dga’ theg-chen dpal-‘bar ‘phrin-las bsam-phel dbang-gi rgyal-po) (geb. 1945).