Das Kloster Nalendra (tib. Na-len-dra dGon-pa) wurde 1425 im zentraltibetischen Distrikt von Penpo (tib. ‘Phen-po) durch den großen Sakya-Meister Rongtön Sheja-Kunrig (tib. Rong-ston Shes-bya kun-rig) (1367-1459) und seinen Schüler Künkyen Tashi-Namgyal (tib. Kun-mkhyen bKra-shis rnam-rgyal) gegründet. Der Klostergrundriss wurde dem Standort in vollkommenem Einklang mit den Regeln der tibetischen Geomantie angepasst. Diese Wissenschaft hatte sich auf Grundlage des chinesischen Geomantie-Systems entwickelt, das die chinesische Prinzessin von König Songtsen-Gampo (tib. Srong-btsan sgam-po) (629-710) nach Tibet gebracht hatte.
Ursprünglich hatte Nalendra vier Colleges: Tongmon (tib. mThong-smon), Dükor (tib. Dus-‘khor, Kalachakra), Tsegye (tib. Tshad-rgyas) und Tseshi (tib. Tshad-gzhi). Diese hatten 45 Unterabteilungen und circa 1.500 Mönche. Das Studienprogramm basierte auf zwei Linien: die „Linie der Drei Weißen und der Zwei Roten Meister von Sakya“ (tib. Sa-skya dkar-po rnam-gsum dmar-po rnam-gnyis) und die Linie von Ngog Lotsawa Loden-Sherab (tib. rNgog Lo-tsa-ba Blo-ldan shes-rab) (1059-1109). Die drei „Weißen Meister“ – drei Laien – waren Sachen Künga-Nyingpo (tib. Sa-chen Kun-dga’ snying-po) (1092-1158), Sönam-Tsemo (tib. bSod-nams rtse-mo) (1142-1182) und Dragpa-Gyaltsen (tib. Grags-pa rgyal-mtshan) (1147-1216). Die beiden roten Meister – zwei Mönche – waren Sakya Pandita Künga-Gyaltsen (tib. Sa-pan Kun-dga’ rgyal-mtshan) (1182-1251) und Chögyal Pagpa (tib. Chos-rgyal ‘Phags-pa) (1235-1280).
Während der Amtszeit der ersten fünf Äbte florierte Nalendra. Die Mönchspopulation wuchs auf über 2.000. Während der Amtszeit des sechsten und siebten Abtes traten große Hindernisse für das Kloster auf und so fiel die Zahl der Mönche stark. Dagchen Lodrö-Gyaltsen (tib. bDag-chen Blo-gros rgyal-mtshan) (1444-1495) von Sakya wurde gebeten, die Hindernisse durch das Abhalten von Zeremonien zu beseitigen. Nachdem er dieser Bitte nachgekommen war ernannte Dagchen den Kushang Kyenrab-Chöje (tib. sKu-zhang mKhyen-rab chos-rje) zum achten Abt von Nalendra. Ab diesem Zeitpunkt gab es im Kloster nie weniger als 400 Mönche, und manchmal stieg die Zahl sogar auf 700.
Die beiden wichtigsten Linien reinkarnierter Lamas, die sich um die spirituellen Bedürfnisse von Nalendra gekümmert haben, sind die Linie der Chogye Trichen Rinpoches (tib. bCu-brgyad Khri-chen Rin-po-che) und die Linie der Zimog Rinpoches (tib. Zi-mog Rin-po-che). Der derzeitige Chogye Trichen (geb. 1920) ist das Haupt der Tsar-Tradition (tib. Tshar-lugs) der Sakyas. Diese Tradition geht zurück auf Tsarchen Losal-Gyatso (tib. Tshar-chen Blo-gsal rgya-mtsho) (1502-1566) vom Kloster Dar Drangmochen (tib. Dar ‘Phrang-mo chen dGon-pa) in der zentraltibetischen Provinz von Tsang (tib. gTsang). Der Fünfte Dalai Lama, Ngawang-Losang-Gyatso (tib. rGyal-dbang lnga-pa chen-po Ngag-dbang blo-bzang rgya-mtsho) (1617-1682), hatte von Gonpo Sönam-Chogden (tib. mGon-po bSod-nams mchog-ldan) die Lehren vom „Lamdre“ (tib. lam-‘bras), d.h. vom „Pfad und seinen Ergebnissen“ erhalten. Dessen Lehrer Kyabdag Wangchug-Rabten (tib. Khyab-bdag dBang-phyug rab-brtan), war ein Schüler von Tsarchen gewesen. Die Lamdre-Lehren haben zwei Ebenen: „ Tsogshe“ (tib. tshogs-bshad), d.h. die „Erklärung für Versammlungen“ und „Lobshe“ (tib. slob-bshad), was die „Erklärung für Privatschüler“ bedeutet. Der Fünfte Dalai Lama erhielt hauptsächlich die zweite Ebene und spielte eine entscheidende Rolle bei ihrem Erhalt und ihre Weitervermittlung.
In seiner späteren Periode hatte das Kloster Nalendra nur zwei Colleges: das ursprüngliche College Tongmon war College für das Studium der Sutra-Debatte. Das College Sangchen (tib. gSang-chen Grva-tshang) widmete sich dem Tantra und war von Rinchen-Kyentse-Wangpo (tib. Rin-chen mkhyen-brtse dbang-po) gegründet worden. Die Sutra-Ausbildung konzentrierte sich auf dreizehn große Schrifttexte. Das Studium und die Praxis des Tantra befasste sich schwerpunktmäßig mit dreizehn tantrischen Systemen. Die wichtigsten davon waren Kalachakra, Hevajra, die Lobshe – Ebene des Lamdre-Pfades und seiner Stadien, und die Dreizehn Goldenen Lehren der Sakyas (tib. Sa-skya’i gser-chos bcu-gsum). Die Mönche studierten auch Medizin, Astrologie, Grammatik, und rituelle Kunst und Musik.
1959 wurde das Nalendra-Kloster von den Chinesen größtenteils zerstört. Was noch übrig blieb wurde während der Kulturrevolution bis auf den Boden niedergebrannt. Die Wiedererrichtung wurde 1980 begonnen. Heute zählt das Kloster etwa 40 Mönche.