В «Коренной тантре Манджушри» (‘Jam-dpal rtsa-rgyud) Будда предсказал, что благодаря монастырю Сакья его учение расцветет в Стране снегов. А местоположение этого монастыря было предсказано Гуру Ринпоче – Падмасамбхавой (Gu-ru Rin-po-che Pad-ma ‘byung-gnas). Когда в 1040 году на месте будущего монастыря остановился Атиша (Jo-bo-rje dPal-ldan A-ti-sha, 982-1053), там уже было построено несколько ступ. На склоне горы Атиша увидел слог «ХРИх», семь слогов «ДХИх» и один «ХУМ» и предсказал, что это место благословят воплощение Авалокитешвары, семь проявлений Манджушри и одно проявление Ваджрапани.
В 1073 году Кончог Гьялпо (dKon-mchog rgyal-po, 1034-1102) из рода Кон ('Khon) основал в провинции Цанг (gTsang) Центрального Тибета монастырь Палден Сакья (dPal-ldan Sa-skya dGon-pa). Название монастыря, а позже и традиции, берущей начало от него, происходит от цвета почвы, на которой он стоит. «Сакья» буквально значит «серая земля».
После того как Кон Кончог Гьялпо завершил свое обучение у таких учителей, как переводчик Дрогми Лоцава (‘Brog-mi Lo-tsa-ba), он загорелся желанием основать монастырь. Он выбрал нынешнее место и спросил его хозяев, не могли бы они пожертвовать ему эту землю под строительство монастыря. Взамен он предложил им что-нибудь из своих родовых владений. Хозяева отказались от любого вознаграждения и отдали ему землю как подношение.
Линия преемственности настоятелей Сакья пошла от Кона Кончога Гьялцена к Бари Лоцаве (Ba-ri Lo-tsa-ba Rin-chen grags), а от него через Пять учителей сакья (Sa-skya gong-ma lnga), которых называли Тремя Белыми и Двумя Красными учителями сакья (Sa-skya dkar-po rnam dmar-po rnam-gnyis). Все Три Белых учителя были мирянами. Вот их имена: Сачен Кунга Нингпо (Sa-chen Kun-dga’ snying-po, 1092-1158), Сонам Цемо (bSod-nams rtse-mo, 1142-1182) и Дракпа Гьялцен (Grags-pa rgyal-mtshan, 1147-1216). Два Красных учителя были монахами. Это Сакья Пандита Кунга Гьялцен (Sa-pan Kun-dga’ rgyal-mtshan, 1182-1251) и Чогьял Пагпа (Chos-rgyal ‘Phags-pa, 1235-1280). По просьбе Годан-хана Сакья Пандита принес тибетский буддизм в Монголию. Прежде пригласить Сакья Пандиту хотел Чингисхан, однако он так и не сделал этого, написав, что, поскольку он еще не завершил свои труды, подходящее время для такого шага еще не настало. Чогьял Пагпа был императорским наставником Хубилай-хана (тиб. Сечен Гьялпо, Se-chen rGyal-po). Хубилай, внук Чингисхана, был основателем монгольской династии Юань в Китае (1280-1367).
В качестве подношения за уполномочивающее посвящение Хеваджры (Kyai-rdo) Хубилай-хан даровал Чогьялу Пагпе власть над тринадцатью округами (khri-skor bcu - gsum) Тибета. С 1265 по 1358 год Тибетом управлял главный министр, называвшийся «понченом» (dPon-chen), резиденцией которому служил монастырь Сакья. Пончену подчинялись тринадцать трипонов (Khri-dpon), правителей округов – по одному на каждый округ. Первым понченом был Шакья Зангпо (Sha-kya bzang-po). После 1358 года власть над Тибетом перешла к клану Пагмодрупа (Phag-mo gru-pa), связанному с традицией кагью, и монастырь Сакья вновь стал выполнять чисто духовные функции.
Курс изучения сутры в монастыре Сакья начинался с заучивания текстов. Если монахи успешно сдавали экзамен по знанию текстов наизусть, они получали степень качупы (dKa’-bcu-pa) и право учиться дальше, чтобы стать геше (dGe-bshes). На этом этапе программа обучения охватывала шесть предметов. Их изучали по восемнадцати основным индийским текстам. Обучение велось с помощью дебатов. Овладев этими дисциплинами, монахи получали степень геше-рабджампы (dGe-bshes rab-‘byams-pa). После этого они могли поступить в тантрический колледж Деченлинг (bDechen gling), где изучалась, в основном, «Тантра Хеваджры» (Kyai-rdo-rje). Там им присуждали степень ламы-бенцангпы (Bla-ma ‘Ben-tshang-pa).
Тантрическая традиция, которую изучали и практиковали в монастыре Сакья, идет от индийских учителей Дрогми Лоцавы – Наропы и Гаядхары (Gayadhara). От последнего Дрогми Лоцава получил передачу связанных с «Тантрой Хеваджры» учений «ламдре» (Lam-‘bras), «пути-плода», идущих от Вирупы.
Монастырь Сакья не очень пострадал во время китайской «культурной революции», и его огромная библиотека является одним из немногих культурных достояний, которые избежали уничтожения. Однако образовательная и религиозно-практическая активность монастыря резко сократились. В Индии традиции монастыря Сакья продолжает колледж Сакья в Раджпуре, штат Химачал-Прадеш. Его основал нынешний, сорок первый настоятель монастыря Сакья и держатель трона сакья Сакья Тридзин, Нгаванг Кунга Тегчен Пелбар Тринле Сампел Ванги Гьялпо (Sa-skya Khri-‘dzin Ngag-dbang kun-dga’ theg-chen dpal-‘bar ‘phrin-las bsam-phel dbang-gi rgyal-po, родился в 1945).