El noveno Karmapa, Wangchug Dorje (Dbang-phyug rDo-rje) nació en la región tibetana oriental de Kham en 1556. Se dice que poco después de nacer, se sentó y declaró: “¡Yo soy el Karmapa!”, para sorpresa de los que estaban alrededor. Esta historia llegó a oídos de algunos maestros Kagyu, quienes llevaron al niño al Monasterio Kyamo Lhundrub Tse (sKya-mo lhun-grub rtse). Aquí, fue reconocido y entronizado a la edad de seis años como la reencarnación del Octavo Karmapa, Mikyo Dorje (Mi-bskyod rdo-rje), por el Cuarto Tai Situpa Mitrug Chokyi Gocha (Ta’i Si-tu-pa Mi-’khrugs chos-kyi go-cha) y el Quinto Sharmapa, Konchog Yanlag (dKon-mchog yan-lag).
Wangchug Dorje recibió extensas enseñanzas e iniciaciones de estos maestros, a menudo mientras viajaba largas distancias desde las áreas de Mongolia, atravesando las praderas tibetanas, hasta llegar a Bután. Más tarde fue invitado a enseñar en China, pero declinó la invitación. No solo era un maestro espiritual, sino un mediador hábil. Aceptó una invitación del rey de Sikkim para resolver disputas locales, y mientras estuvo en Sikkim fundó tres monasterios, entre ellos Rumtek (Rum-theg dGon-pa).
En Tsurphu (mTshur-phu), la sede principal de los Karmapas, Wangchug Dorje impartió enseñanzas y pasó períodos participando en retiros intensivos, al tiempo que componía textos sobre mahamudra, muchos de los cuales todavía se usan. Los principales son: Mahamudra eliminando la oscuridad de la ignorancia (Phyag-chen ma-rig mun-sel) y el más extenso: Mahamudra, el océano del significado definitivo (Phyag-chen nges-don rgya-mtsho). Falleció en 1603, dejando una carta de predicción sobre su renacimiento al Sexto Sharmapa, Chokyi Wangchug (Chos-kyi dbang-phyug).