La fundación del monasterio Ganden Nampar Gyalweling (dGa'-ldan rnam-par rgyal-ba'i gling dGon-pa) por Je Tsongkhapa Losang Dragpa (rJe Tsong-kha-pa Blo-bzang grags-pa) (1357-1419) fue profetizado por el Buda Shakyamuni. En El Tantra Raíz de Manjushri ('Jam-dpal rtsa-rgyud), el Buda dijo: "Después de que yo haya fallecido de este mundo, cuando la tierra se torne desolada, tomarás la forma de un niño y llevarás a cabo las hazañas de un buda. En ese momento, habrá un gran monasterio llamado Rabga (Rab-dga') en la Tierra de las Nieves". "Ga" es la primera sílaba de "Ganden".
Con motivo de que Tsongkhapa, siendo un niño pequeño en una vida anterior, ofreciera al Buda un rosario de cristal, el Buda profetizó en El Sutra enseñado al rey Damngag Bogpa (mDo-sde gDams-ngag 'bog-pa'i rgyal-po' i bstan-pa): "Oh, Ananda. Este pequeño niño que me ha dado un rosario de cristal restaurará mis enseñanzas. En un tiempo degenerado en el futuro, fundará un monasterio llamado 'Ge' (dGe) en la frontera entre Dri ('Bri) y Den (lDan). Su nombre será Losang". "Ge" es una variante de la primera sílaba de "Ganden". El niño recibió a cambio una caracola que un rey naga le había regalado al Buda. El Buda confió esta caracola a su discípulo Maudgalyayana, quien la enterró en el Tíbet como un tesoro auspicioso para la futura difusión de las enseñanzas.
En el año 1409, Tsongkhapa instituyó el Gran Festival de la Oración (sMon-lam chen-mo) en el Templo Jokang de Lhasa (Lha-sa Jo-khang, Jokhang). Posteriormente, sus discípulos, preocupados por el efecto de los viajes constantes en la salud de su maestro, le ofrecieron construirle un monasterio en cualquier lugar de su elección. Tsongkhapa aceptó y eligió la montaña Drogri ('Brog ri-bo-che), aproximadamente a 50 kilómetros al este de Lhasa. Él personalmente consagró la tierra y nombró al monasterio Ganden, Tushita en sánscrito, en honor al reino de la tierra pura del futuro Buda, Maitreya.
El templo principal y más de setenta edificios se completaron ese año, 1409, en estricto cumplimiento de las reglas monásticas indias. Al año siguiente, en una colina detrás de Ganden, Tsongkhapa desenterró la caracola del tesoro que Maudgalyayana había enterrado allí. De este modo se cumplieron todas las profecías sobre el monasterio de Ganden. En 1416, Tsongkhapa le dio la caracola de Ganden a su discípulo, Jamyang Choje ('Jam-dbyangs Chos-rje bKra-shis dpal-ldan) (1379-1449), quien fundó el Monasterio de Drepung ('Bras-spungs dGon-pa) más tarde ese año. La caracola se conserva en Drepung desde entonces. Otro discípulo cercano, Jamchen Choje (Byams-chen Chos-rje Shakya ye-shes) (1354-1435), fundó el Monasterio de Sera (Se-ra dGon-pa) en 1419, el año en que falleció Tsongkhapa.
Tsongkhapa permaneció frecuentemente en Ganden hasta el final de su vida. Falleció en este monasterio y allí se conservaron sus restos. La construcción del templo principal de Ganden, con sus grandes estatuas y mándalas tridimensionales, se cuenta como la cuarta gran hazaña en la vida de Tsongkhapa.
Desde su fundación, Ganden ha sido la sede del Ganden Tripa (dGa'-ldan Khri-pa), sustentador del Trono Dorado de Ganden y líder de la Tradición Gelug. Esta tradición, que se remonta a Tsongkhapa, también se llama Tradición Ganden (dGa'-ldan lugs), que lleva el nombre del Monasterio de Ganden. "Lug" significa tradición y "Gelug" es una abreviatura de "Ganden Lug".
El primer Ganden Tripa fue Gyaltsab Je (rGyal-tshab rJe Dar-ma rin-chen) (1364-1432), a quien Tsongkhapa le dio su túnica y su bastón antes de fallecer. El segundo fue Kedrub Je (mKhas-grub rJe dGe-legs dpal-bzang) (1385-1438). El actual sustentador del trono, Tri Rinpoche Yeshe Tubten (Khri Rin-po-che Ye-shes thub-bstan), es el 99º de esta línea. El mandato es de siete años.
El monasterio de Ganden se compone de dos colegios, Jangtse (Byang-rtse Grva-tshang) y Shartse (Shar-rtse grva-tshang), que significan Pico Norte y Pico Este, respectivamente. Según una tradición, recibieron su nombre de su ubicación al norte y al este del templo principal de Ganden.
En el momento del Segundo Ganden Tripa, Kaydrub Je, el Monasterio de Ganden estaba dividido en cuatro colegios. Más adelante en su mandato, los colegios de Palden (dPal-ldan Grva-tshang) y Yardrog (Yar-'brog Grva-tshang) se fusionaron para convertirse en Jangtse; mientras que los colegios de Panchen Shakya Shri (Pan-chen Sha-kya-shri Grva-tshang) y Chodrag (Chos-grags Grva-tshang) se fusionaron para convertirse en Shartse. Horton Namka Palzang (Hor-ston Nam-mkha' dpal-bzang), autor de Entrenamiento de actitudes como los rayos del sol (Blo-sbyong nyi-ma'i 'od), es considerado el fundador del colegio de Jangtse. Neten Rinchen Gyaltsen (gNas-brtan Rin-chen rgyal-mtshan) es considerado el fundador del colegio Shartse. Durante el período del vigésimo primer Ganden Tripa, el colegio Sangpu Nyarong (gSang-phu nyag-rong Grva-tshang), que había surgido más tarde, también se fusionó con Shartse.
El colegio de Jangtse, que contenía la residencia de Tsongkhapa, al principio tenía trece divisiones (khang-tshan): Lubum (Klu-'bum Khang-tshan), Tsawa (Tsha-ba Khang-tshan), Samlo (bSam-blo Khang-tshan), Hardong (Har-gdong Khang-tshan, Hamdong Khamtsen), Serkong (gSer-skong Khang-tshan), Trehor (Tre-hor Khang-tshan), Gyalrong (rGyal-rong Khang-tshan), Bati (sBa-ti Khang- tshan), Ngari (mNga'-ri Khang-tshan), Dora (rDo-ra Khang-tshan), Dranyi (Bra-nyi Khang-tshan, Banyi Khamtsen), Gowo (Go-bo Khang-tshan) y Kongpo (Kong-po Khang-tshan) Kangtsens. Los monjes se unían a estas divisiones según sus lugares de origen. Los monjes de Mongolia, por ejemplo, se unían a Hardong. En épocas posteriores, solo eran doce. Se disolvieron Bati y Ngari Kangtsens y se añadió Para Kangtsen (Pha-ra Khang-tsan). Cada división tenía varias casas (mit-tshan), divididas también según los lugares de origen de los monjes que vivían en ellas.
El colegio de Shartse tiene once divisiones: Dokang (rDo-khang Khang-tshan), Pukang (Phu-khang Khang-tshan), Nyag-re (Nyag-re Khang-tshan), Lhopa (Lho-pa Khang-tshan), Zungchu (Zung-chu Khang-tshan), Tepo (The-po Khang-tshan), Choni (Co-ni Khang-tshan), Ta-on (rTa-'on Khang-tshan, rTa-dbon Khang-tshan), Ngari (mNga'-ris Khang-tshan), Sogpa (Sog-pa Khang-tshan) y Gungru (Gung-ru Khang-tshan) Kangtsens.
Ambas divisiones de Ganden, Jangtse y Shartse, tienen un programa de estudio combinado de sutra y tantra. Esto contrasta con los otros dos monasterios Gelug principales en el área de Lhasa, Sera (Se-ra dGon-pa) y Drepung. De los cuatro colegios de Drepung: los colegios Loseling (Blo-gsal gling Grva-tshang) y Gomang (sGo-mang Grva-tshang) solo tienen estudios de sutra, el colegio Ngagpa (sNgags-pa Grva-tshang) solo tiene estudios de tantra, mientras que el colegio Deyang (bDe-dbyangs Grva-tshang) tiene ambos. De los tres colegios en Sera: el colegio Je (Byes Grva-tshang) y el colegio Me (sMad Gvra-tshang) solo tienen estudios de sutra y el colegio Ngagpa (sNgags-pa Grva-tshang) solo tiene estudios de tantra. En la India, los colegios Drepung Ngagpa y Sera Ngagpa han añadido estudios de sutra a sus programas. El colegio Drepung Deyang no se ha restablecido.
El colegio Jangtse sigue los libros de texto de sutras (yig-cha) de Jetsunpa Chokyi Gyaltsen (rJe-btsun-pa Chos-kyi rgyal-mtshan) (1469-1544), en común con los colegios Sera Je y Sera Ngagpa. El colegio Shartse utiliza los libros de texto del Decimoquinto Ganden Tripa, Panchen Sonam Dragpa (Pan-chen bSod-nams grags-pa) (1478-1554), al igual que los colegios tántricos Drepung Loseling y Drepung Ngagpa. En cuanto a los otros colegios de los tres principales monasterios Gelug del área de Lhasa (gdan-sa gsum), el colegio Sera Me utiliza los libros de texto de sutra escritos por Kedrub Tendarwa (mKhas-grub dGe-'dun bstan-pa dar-rgyas) (1493–1568). Los colegios Drepung Gomang y Drepung Deyang utilizan los libros de texto escritos por Kunkyen Jamyang Zhepa el Primero, Ngawang Tsondru (Kun-mkhyen 'Jam-dbyangs bzhad-pa Ngag-dbang brtson-'grus) (1648-1721). Todos los colegios siguen los textos escritos por Tsongkhapa, Gyaltsab Je y Kedrub Je. Sus diversos libros de texto difieren simplemente en puntos finos de interpretación.
El estudio se realiza mediante la memorización, la lógica y el debate. Los monjes estudian las materias preliminares de lógica durante tres años. El estudio principal de los cinco textos principales lleva once años más. Al final de cada año de estudio, los monjes deben aprobar un examen (rgyugs-sprod) para pasar a la siguiente clase. Aquellos que finalizan sus estudios de sutras al completar estos once años y presentan un debate formal ante la asamblea mixta de todo su colegio (gling-bsre dam-bca') reciben el título de Gueshe Tsogrampa (dGe-bshes Tshogs-ram-pa). Aquellos que estudian durante cinco años más y presentan un debate formal ante la asamblea de monjes de los tres principales monasterios Gelug del área de Lhasa durante el Gran Festival de Oración en Lhasa Jokang reciben el título Gueshe Lharampa (dGe-bshes Lha-ram-pa). Los monjes que simplemente aprueban exámenes de memorización de los textos principales, pero sin completar su educación como Gueshe, reciben el título de Kyerimpa (bsKyed-rim-pa).
Luego, los Gueshes Tsogrampas y los Gueshes Lharampas deben continuar sus estudios tántricos en el Colegio Tántrico Inferior Gyume (rGyud-smad Grva-tshang) o en el Colegio Tántrico Superior Gyuto (rGyud-stod Grva-tshang). A cuál van depende de sus lugares de origen. Al finalizar sus estudios de tantra, también a través del debate y la presentación de un debate formal de tantra, reciben el título de Gueshe Ngagrampa (dGe-bshes sNgags-ram-pa). Pueden quedarse en el Colegio Tántrico o regresar a Ganden. Si regresan, deberán presentar otro debate formal de tantra en su colegio de origen.
Los monjes que solo tengan el grado de Kyerimpa pueden estudiar tantra en su propio colegio. Los de Jangtse siguen los libros de texto de Gyume, escritos por rGyu Sherab Sengge (rGyud Shes-rab seng-ge) (1383-1445). Los de Shartse siguen los libros de texto de Gyuto, escritos por Gyuchen Kunga Dondrub (rGyud-chen Kun-dga' don-grub) (1419-1486). Aquellos de Jangtse que presentan el debate formal del tantra también reciben el título de Gueshe Ngagrampa. Los de Shartse reciben el título Uma Shering (dBu-ma bshad-ring).
El colegio Jangtse en su conjunto es responsable de mantener la realización anual de los rituales completos de la forma Akshobhya (Mi-bskyod-pa) del Guhyasamaja (gSang-ba 'dus-pa), mientras que Shartse se encarga de mantener el Vajrabhairava de trece parejas (rDo -rje 'Jigs-byed Lha bcu-gsum). Además, cada división dentro de los dos colegios es responsable de la realización anual de los rituales completos de deidades tántricas específicas de las cuatro clases de tantra. En Ganden Jangtse, dentro de la clase de tantra anutarayoga (rnal-'byor bla-med rgyud), Para, Kongpo y Dranyi mantienen la forma Akshobhya de Guhyasamaja, mientras que Hardong mantiene la forma Mahachakra de Vajrapani (Pyag-rdor 'Khor-chen). Dentro del tantra yoga (rnal-byor rgyud), Lumbum y Tsawa mantienen los rituales de Vajradhatu (rDor-dbyings). Dentro del tantra charya (comportamiento) (spyod-rgyud), Serkong, Dora y Samlo mantienen a Vairochana Abhisambodhi (rNam-snang mngon-byang). Dentro del tantra kriya (acción) (bya-rgyud), Gowo, Trehor y Gyelrong mantienen a Akshobhya (Mi-'khrugs-pa).
En Ganden Shartse, dentro de la clase de tantra anutarayoga, Dokang, Ta-on y Gungru mantienen el Vajrabhairava de trece parejas; Tepo y Lhopa mantienen el linaje Luipa (Lu'i-pa) de Chakrasamvara (bDe-mchog); y Nyag-re mantiene a Kalachakra (Dus-'khor). Dentro de la clase de yoga, Choni y Sogpa mantienen a Samvid (Kun-rig). Dentro de la clase kriya, Zungchu mantiene la forma de las Nueve Deidades de Amitayus (Tshe-dpag-med lha-dgu); Ngari mantiene la práctica de los Ocho Sugata de Bhaishaja (Buda de la Medicina) (sMan-lha bDe-gshegs-brgyad), y Pukang mantiene los Dieciséis Arhats (gNas-brtan phyag-spyod).
El protector especial (srung-ma) de la Asamblea Común del Monasterio de Ganden en su conjunto (dGa'-ldan Bla-spyi) es Chogyal (Chos-rgyal, Dharmaraja). El protector especial de Ganden Jangtse es Palden Lhamo (dPal-ldan Lha-mo). Los monjes Jangtse realizan diariamente, y más extensamente en ocasiones especiales, los rituales de este protector en beneficio de Su Santidad el Dalái Lama y del Gobierno tibetano. Los protectores especiales de Su Santidad el Dalái Lama son Palden Lhamo y Nechung (gNas-chung), mientras que los del Gobierno tibetano son Palden Lhamo y Jamsing ('Jam-sing). Ambos pares se llaman Par Negro y Rojo (dMar-nag gnyis) – Palden Lhamo es de color negro, mientras que Nechung y Jamsing son ambos rojos. El protector especial de Ganden Shartse es Setrab (Se-khrab).
Los días 29 y 30 de cada mes tibetano, los monjes de Jangtse realizan durante todo un día y una noche los rituales completos de su protector, mientras que Shartse hace lo mismo los días 28 y 29. Cada división kangtsen también tiene su propio protector especial. El día 15 de cada mes tibetano, cada khangtsen realiza durante un día y una noche enteros los rituales completos de su protector.
En cuanto a los otros dos monasterios Gelug principales en el área de Lhasa, el protector especial de la Asamblea Común de Drepung es Nechung, el de Drepung Loseling también es Nechung, y el de Drepung Gomang es Mahakala de seis brazos (dGon-po phyag-drug). El protector especial de la Asamblea Común de Sera es Jamsing, el de Sera Je también es Jamsing, así como la forma Yangsang (Yang-gsang, Especialmente Oculta) de Hayagriva (rTa-mgrin), y el de Sera Me es Teu (The´u).
Desde la época del Octavo Ganden Tripa, la posición del Ganden Tripa ha alternado entre el Jangtse Choje (Byang-rtse Chos-rje) y el Shartse Choje (Shar-rtse Chos-rje). El Jangtse Choje, o Maestro del Dharma de Jangtse, es el abad retirado de mayor rango (mKhan-zur Rin-po-che) del Colegio Tántrico Inferior Gyume (rGyud-smad Grva-tshang). Su asiento está en el Colegio Jangtse. El Shartse Choje, Maestro del Dharma de Shartse, es el Abad retirado de mayor rango del Colegio Tántrico Superior Gyuto (rGyud-stod Grva-tshang). Tiene su asiento en el Colegio Shartse.
El monasterio de Ganden, así como Sera y Drepung, siguen al retiro de principios de verano (dbyar-gnas snga-ma), desde el 16º del sexto mes tibetano hasta el 30º del séptimo mes. Durante el retiro, tradicionalmente se pronuncia un discurso sobre el Lam-rim chen-mo (Gran Exposición sobre las etapas graduales del camino) de Tsongkhapa. Las enseñanzas de nivel inicial son impartidas por el menor de los Jangtse y Sharje Chojes, las de nivel intermedio por el mayor de los dos y las de nivel avanzado por el Ganden Tripa.
La población de monjes de Ganden figuraba oficialmente en 3.300, pero en 1959 era de 7.500. El monasterio fue totalmente destruido por los chinos. Actualmente se está reconstruyendo parcialmente en el Tíbet. En la India, el monasterio de Ganden se ha trasladado a Mundgod, estado de Karnataka.