最初選擇佛教
回鶻人使用和東突厥人一樣的採納域外宗教的標準。605年，中國隋朝軍隊幫助東突厥人征服吐魯番後，他們首先選擇了佛教作為官方宗教。顯然，隋 朝在佛教護佑下統一中國的軍事勝利給他們和東突厥人一樣留下了深刻印象。隋朝開國者自稱是佛教普天下之君主（轉輪聖王），回鶻和東突厥首領都自稱為“菩提王子”。然而，和東突厥人一樣，回 鶻人最初信仰了一種中亞形式的、而非中原形式的佛教，以防漢文化之同化。和東突厥人一樣，他們基本上信奉了在吐魯番的吐火羅 – 于闐式的佛教形式，其中混合了突厥傳統和一些中國北方的要素。
隋朝統治二十九年即為唐朝（618 – 906年）所取代。儘管早期的唐朝皇帝們恢復了政府選材的儒家考試並提倡道教，他們對佛教也以予支持。事實上，隋朝和早期唐朝是中國大多數佛教宗派發展傳播的高峰時期。儘 管東突厥人視佛教為他們喪失第一帝國之原因，當前的回鶻人顯然既沒有將618年的隋朝降唐、也沒有把自己在6世紀30年代將吐魯番失給唐朝軍隊視為佛教之過。他們忠誠地與唐朝保持結盟並繼續信仰佛教。
佛教在中國唐朝和土蕃發展所帶來的困惑
自684至705年武則天篡位以來，唐朝軍隊儘管在諸多方面高奏凱歌，但玄宗皇帝徵用僧侶為兵、向寺院抽稅以供軍事行動等行為已經不斷削弱了軍事實力。740年，玄宗限制了漢僧的數量，驅 逐了唐朝境內的所有域外僧人，取消了寺院的稅收豁免地位。儘管施行了上述舉措，751年，唐朝軍隊還是在西突厥斯坦的怛邏斯河戰役中失利；755年，安祿山叛亂，玄宗被迫退位。
744年，回鶻首領牟羽可汗推翻東突厥人統治，承襲了突厥聖山烏都犍的保護者角色。他所處形式和前任回鶻諸首領們的形式截然不同。道義上講，他為所有突厥部落負責。可 汗無疑清楚了解暾欲谷對佛教導致泛突厥尚武價值觀喪失的批評。對佛教的這一批評由於玄宗在西突厥斯坦和長安令人赫顏的失敗而變本加厲。從突厥一方看，唐朝皇帝顯然對清除導致軍力衰退的佛教的努力不夠。
此外，安祿山叛亂不久前幾個月，藏王墨阿聰因為支持佛教而遭到暗殺。土蕃 – 這一地區的另一支重要力量此時正處於壓制佛教的階段。因此，要選擇一種宗教以團結民眾，牟 羽可汗可能不會因選擇佛教而獲得突厥人的效忠。另一方面，他也因受阻而無法選擇騰格里崇拜和突厥薩滿教的混合形式作為信仰，因為這是他打敗並取而代之的東突厥人的信仰。很明顯，傳 統宗教並沒有力量去維繫一個軍事上強大的民族。
選擇摩尼教的理由：和唐朝保持友好關係的願望
一個半世紀以來，回鶻人和中國唐朝或多或少保持著同盟關係。在唐朝無力平復安祿山叛亂之際，回鶻人通過做到這一點顯示了其軍事上相對唐朝的優勢。不過在當時，回鶻可汗們仍然希望和中國唐朝保持友好關係。儘 管回鶻人掠奪了長安和洛陽，唐朝廷依然希望與之保持友睦關係。
713年，東突厥權臣暾欲谷引領了帝國復興薩滿教和騰格里崇拜之傳統，他勸服默啜可汗（統治時期692 – 716年）將粟特社團逐出蒙古里亞。粟特社團包括佛教徒和摩尼教徒。唐 朝廷容許這些粟特人加入已經在中國長安和洛陽留居的粟特人當中。然而732年，玄宗禁止漢人信仰摩尼教並將其限制在域外社團中。八年後，他驅逐了所有域外佛教僧人，但仍然寬容信仰摩尼教的僑民。如 果回鶻人信仰了這一後起宗教，他們可能不會觸及唐朝的宗教政策而繼續與其保持友好關係。然而，做出這一選擇還別有原因。
經濟利益與地緣政治
回鶻人試圖擴張疆土，尤其想進入塔里木盆地以控制利益豐厚的絲綢之路貿易。中國唐朝僅在吐魯番、別失八里、庫車和喀什噶爾的絲綢之路北線有微弱的力量存在。藏人在絲綢之路南線的存在力量也比較薄弱。然 而粟特商人在這些綠洲城邦隨處可見，在吐魯番尤盛。
在唐朝皇帝倉皇逃竄之際，回鶻人平定了安祿山之亂，成為時勢英雄。唐朝不僅顏面盡失，而且對吐魯番和塔里木盆地其餘地區的有效控制也更加式微。儘管中國唐朝在712年給予粟特人政治庇護，但 在驅逐了其中的佛僧以後，朝廷無疑對粟特社團失去了信心。如果回鶻人採信粟特的主流宗教，他們會被欣然接納為吐魯番粟特人的保護者和領主。這將給他們在塔里木盆地得到立足點以便進一步擴張，同 時也增加了控製絲綢之路的可能性。
改宗摩尼教
無疑懷著這樣的思想，牟羽可汗在762年宣布摩尼教為國教，因為佛教當時還不是一個可行的備選。此外，摩尼教強調通過光明力量戰勝黑暗力量獲取勝利，這可能給一個好戰的民族會留下比佛教更合意的印象。牟 羽可汗吸取了第一、第二東突厥王朝的經驗，借用粟特字母而不是粟特語言，修訂應用於回鶻文書寫。可汗將文字應用於行政和宗教，僱用粟特人將摩尼教典籍翻譯成回鶻語。
粟特人已經有將佛教典籍譯成古突厥語的經歷，在第一、第二東突厥王朝間隙（630 – 682年）他們又開始將佛經翻譯成母語。這正值蒙古里亞和吐魯番，以及整個塔里木盆地被中國軍隊征服之際。粟 特譯師們主要利用漢語資料，因為他們對漢式佛教傳統和漢語最熟悉。中國唐朝在政治上處於主導地位，粟特佛教徒可能最終覺得他們的身份受到足夠的威脅，應該採取措施與漢文化拉開距離以免被同化。因 為在回鶻人委託粟特譯師們翻譯回鶻語摩尼教典籍時佛教徒依然在進行翻譯活動，而且粟特人已經使用過和回鶻語有關係的古突厥語，所以新的摩尼教的宗教經典翻譯過程當中他們自然會藉用為數可觀的佛教術語。
對改宗摩尼教的普遍抵制
作為回鶻人從605年至630年代統治吐魯番之後果，許多回鶻人、特別是軍人和普通民眾已經改宗了東突厥形式的佛教。但是，在回鶻人撲滅安祿山之亂後，牟 羽可汗在洗劫長安和洛陽時率眾毀壞了上述兩都城的所有佛教寺院。他還接著下令破壞在他統治範圍之內所有佛教寺院，甚至包括遠至西突厥斯坦北部的七河流域（現哈薩克斯坦境內）。牟 羽可汗這樣做無疑試圖重新肯定泛突厥的尚武傳統，通過顯示佛教的更加式微以證明他選擇摩尼教的正確性。
然而毫無疑問，當時有大量回鶻士兵仍然信奉著一種佛教、騰格里崇拜和突厥薩滿教的混合形式。牟羽可汗迫使其臣民接受摩尼教便說明了這一點。牟羽可汗將民眾以十人為一單位組織，其中一人負責宗教事務。不過，這 一粟特人的主要宗教從來沒有在回鶻人中廣泛傳播。這一信仰主要局限於貴族階層。貴族階層為摩尼教所吸引是由於它突顯了在道德上高於所謂“骯髒民眾”的純潔虔誠的宗教精英。回鶻人統治蒙古里亞時佛教無疑在這些“ 骯髒民眾”中繼續流傳。
此外，回鶻貴族本身也並非毫無例外地完全投身摩尼教。在改宗這一國教二十年後，骨咄祿（統治時期780 – 790年）暗殺了在財力上過度支持新宗教的牟羽可汗。僭奪汗位後，骨咄祿請求大主教弟茂德（ 統治時期780 – 819年）將他統治區域作為聶斯托里教派的一個大主教教區。然而，這一基督教形式如同摩尼教，基本上也是粟特人的宗教。支持這一宗教自然符合回鶻人贏得和塔里木盆地民眾之間聯盟的基本策略，後 者在經濟上由粟特商人主導。
中亞改宗模式總結
東突厥人和回鶻人的改宗例子對中亞突厥諸民族改變宗教信仰現象具有說明性質。 當這種改宗是統治者基於自願而為時， 它們在絕大程度上是出於擢取權利或者經濟利益而精心算計的政治策略， 而不是一種信仰抉擇。
對於上述改宗，一個人不應該過於嘲諷，將之歸於純粹馬基雅維里式的動機而毫無信仰考慮。在選擇要改宗的宗教中必然有和土著文化中的思想相共鳴的因素；否則，無人會與之發生關係。不過，一 個人也不應該理想主義，把富有好戰傳統的中亞民族統治者們在這類事情上的決定看作是純粹因為基於某一宗教在復雜錯綜的形而上學方面優於另一宗教。當一個宗教提供了贏得勝利的超自然力時，他們對此印象更為深刻，從 而改變民族宗教以為自己的擴張尋求類似支持。
東突厥人和回鶻人的改宗事例如此，藏王松贊乾布6世紀中對佛教的興趣亦然。這也解釋了為什麼9世紀早期，當伊斯蘭教可能幫助土蕃通過與阿拔斯人的聯盟獲取更多疆土時，年 輕的杜松芒波傑朝廷對伊斯蘭教持開放心態。而當這種好處不會降臨時，他們對穆斯林的信仰也就興趣了然全無。