Buddha hat das „Kalachakra-Tantra“ vor mehr als 2800 Jahren im heutigen Andhra Pradesh, Südindien, gelehrt. Die Lehre wurde im nördlich gelegenen Land Shambhala bewahrt und im 10. Jahrhundert unseres Zeitalters nach Indien zurückgebracht. Von Indien ausgehend verbreitete sie sich nach Burma und über die malaiische Halbinsel bis nach Indonesien, verschwand um das 14. Jahrhundert aber wieder aus diesen Regionen. Zwischen dem 11. und dem 13. Jahrhundert wurde sie mehrfach von Indien nach Tibet verbreitet. Es finden sich Übertragungslinien in der Sakya-, der Kagyü- und der Gelugtradition Tibets.
Mitte des 18. Jahrhunderts wurde die Gelug-Übertragungslinie auf Bitte des Kaisers Qianlung aus Tibet in die chinesische Mandschurei gebracht. In Peking wurde im Yungho Gong-Kloster mit Hilfe des Siebten Dalai Lama eine Kalachakra-Akademie gegründet. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts kam das Kalachakra in die Mongolei. Auf Einladung des Vierten Bogdo Gegen schickte der Achte Dalai Lama aus seinem eigenen Namgyal-Kloster Gyalse Dorjechang, der das Hauptkloster für Kalachakra in der Mongolei, Dechen Kalawa, gründete. Die Kalachakra-Praxis wurde vom Vierten und vom Fünften Bogdo Gegen in der ganzen Mongolei verbreitet. Die anderen größeren Kalachakra-Klöster der Mongolei waren Gandan und Dzun Khure in Ulaan Baatar. Obwohl in der Mongolei 1937 zum letzten Mal das Mandala aus farbigem Sand hergestellt wurde, hat man bis heute im Kloster Gandan die Kalachakrariten weiter alljährlich rezitiert.
In die Westmongolei und die mongolischen Oirat-Regionen des heutigen Xinjiang (Ostturkistan) gelangte die Kalachakra-Übertragungslinie vom Labrang Tashikyil-Kloster in der nordosttibetischen Provinz Amdo. Zwei Übertragungslinien des Kalachakra gelangten nach Buryatien in Sibirien. Eine stammte aus Dechen Kalawa in der Mongolei, die andere ebenfalls aus Labrang Tashikyil. Die Kalachakra-Tradition wurde ausgehend von der Mongolei auch in die türkisch-buddhistische Region Tuva weiterverbreitet. Nach Kalmückien und in das Datsang-Kloster in Leningrad gelangte die Kalachakra-Tradition direkt aus Tibet, vor allem durch die Bemühungen von Agvan Dorjiev, dem mongolisch-buryatischen Meisterdebattenpartner des 13. Dalai Lama.
Das Kalachakra hat in den verschiedenen medizinischen und astrologischen Traditionen Tibets, der Mongolei und Zentralasiens große Beachtung gefunden. Das rührt daher, dass die Wissenschaft der tibetischen Kalenderberechnung, ein Großteil der tibetischen astronomischen und astrologischen Lehren und ein bestimmter kleiner Teil des tibetischen medizinischen Wissens, hier vor allem die Vorschriften zum Herstellen von edelsteinhaltigen medizinischen Zubereitungen, aus den Kalachakra-Lehren stammen. Die mongolischen kalendarischen, astrologischen und medizinischen Systeme leiten sich von den tibetischen her.