El Tantra de Kalachakra fue enseñado por el Buda hace más de 2,800 años en la actual Andhra Pradesh, en el sur de la India. Se conservó en la tierra septentrional de Shambhala y fue llevado de vuelta a la India en el siglo X. Se extendió desde la India hasta Birmania, la península malaya e Indonesia, pero desapareció en estas áreas en el siglo XIV. Se transmitió desde la India al Tíbet varias veces entre los siglos XI y XIII. Sus linajes se encuentran en las tradiciones Sakya, Kagyu y Gelug del Tíbet.
A mediados del siglo XVIII, el linaje Gelug de las enseñanzas de Kalachakra fue llevado del Tíbet a la China manchú a pedido del emperador Qianlung. Se estableció una universidad de Kalachakra en el Monasterio Yungho Gong en Pekín, con la ayuda del Séptimo Dalái Lama. A principios del siglo XIX, el Kalachakra llegó a Mongolia. Por invitación del IV Bogd Kan, el Octavo Dalái Lama envió desde su propio Monasterio Namgyal a Gyalse Dorjechang, quien fundó el principal Monasterio Kalachakra de Mongolia, Dechen Kalawa. La práctica de Kalachakra se extendió por todo Mongolia, gracias al Cuarto y Quinto Bogdo Kanes. Los otros monasterios importantes para los rituales de Kalachakra en Mongolia fueron Gandan y Dzun Khure en Ulán Bator. Aunque el último mándala de arena en polvo de Kalachakra en Mongolia se construyó en 1937, los rituales de Kalachakra se han seguido recitando anualmente en el Monasterio de Gandan.
En el oeste de Mongolia y en las regiones mongolas oirates de la actual Sinkiang (Turquestán Oriental), el linaje de Kalachakra provino del monasterio de Labrang Tashikyil en la provincia nororiental tibetana de Amdo. Dos linajes de Kalachakra fueron a Buriatia en Siberia. Uno era de Dechen Kalawa en Mongolia y el otro también de Labrang Tashikyil. La tradición Kalachakra también se transmitió desde Mongolia a la región budista turca de Tuvá. En Kalmukia y en el Monasterio Datsang de Leningrado, la tradición Kalachakra vino directamente del Tíbet, principalmente a través de los esfuerzos de Agvan Dorjiev, el compañero experto de debate buriato mongol del Decimotercer Dalái Lama.
El Kalachakra ha recibido una atención destacada en las diversas tradiciones e institutos médicos y astronómicos del Tíbet, Mongolia y Asia Central. Esto se debe a que la ciencia de calcular el calendario tibetano, una gran parte de las enseñanzas astrológicas y astronómicas tibetanas, y una pequeña parte del conocimiento médico tibetano, particularmente las fórmulas para hacer varios medicamentos a partir de joyas preciosas, se derivan de las enseñanzas de Kalachakra. El calendario, la astrología y los sistemas médicos mongoles se derivan de los tibetanos.