Будда преподал «Тантру Калачакры» более 2800 лет назад в месте, располагавшемся на территории современного Андхра-Прадеша, в Южной Индии. Тантра сохранилась в северной стране Шамбале и была привезена обратно в Индию в 10 веке. Из Индии тантра передавалась в Бирму, на Малайский полуостров и в Индонезию, однако к 14 веку учение Калачакры в этих местах было утрачено. В период между 11 и 13 веком это учение несколько раз передавалось из Индии в Тибет. Эти линии передачи можно обнаружить в тибетских традициях сакья, кагью и гелуг.
В середине 18 века гелугпинская линия учения Калачакры была принесена из Тибета в Маньчжурский Китай по запросу императора Цяньлуна. Благодаря Седьмому Далай-ламе в монастыре Юнго Гонг в Пекине был основан колледж Калачакры. В начале 19 века учение Калачакры пришло в Монголию. Восьмой Далай-лама по приглашению Четвёртого Богдо Гегена прислал Гьялсе Дорджечанга из своего монастыря Намгьял, чтобы тот основал главный монастырь Калачакры в Монголии – Дечен Калава. Четвёртый и Пятый Богдо Гегены распространили практику Калачакры по всей Монголии. Кроме Дечена Калавы главными монгольскими монастырями, проводившими ритуалы Калачакры, были Гандан и Дзун Хуре в Улан-Баторе. Хотя последняя песчаная мандала Калачакры была сооружена в Монголии в 1937 году, ритуалы Калачакры продолжают проводить каждый год в монастыре Гандан.
В Западную Монголию и в те районы современного Синьцзяня (Восточный Туркестан), где живут ойраты, линия Калачакры пришла из монастыря Лабранг Ташикьил в северо-восточной тибетской провинции Амдо. Две линии Калачакры дошли до Бурятии в Сибири. Одна – из Дечена Калавы в Монголии, другая также из Лабранга Ташикьила. Традиция Калачакры также передавалась из Монголии в Туву, тюркский буддийский регион. В Калмыкию и Ленинградский дацан традиция Калачакры пришла напрямую из Тибета, в основном благодаря усилиям Агвана Дорджиева, бурятского наставника-партнёра по дебатам Тринадцатого Далай-ламы.
Калачакра привлекла к себе большое внимание различных медицинских и астрологических традиций и институтов Тибета, Монголии и Центральной Азии, потому что в наставлениях Калачакры содержатся знания о вычислениях при составлении тибетского календаря, множество тибетских астрономических и астрологических техник и немного знаний о тибетской медицине, в частности рецепты приготовления различных драгоценных пилюль. Монгольский календарь, астрология и медицина берут начало в тибетской традиции.