El Cuarto Panchen Lama, Lozang Chokyi Gyaltsen (Blo-bzang chos-kyi rgyal-mtshan) nació como Chogyal Palden Zangpo (Chos-rgyal dpal-ldan bzang-po) en 1570, en Druggya (Brug-rgya) en la región central Tsang (gTsang) del Tíbet, en una ilustre familia de practicantes religiosos.
Cuando era niño, fue reconocido como la reencarnación de Ensapa Lozang Dondrub (dBen-sa-pa Blo-bzang don-grub) y pasó a estudiar con Sanggye Yeshe (Sangs-rgyas ye-shes), quien era su tío y el abad de los monasterios de Tashilhunpo (bKra-shis lhun-po) y Ensa (dBen-sa). Durante estos primeros años, Chokyi Gyaltsen recibió numerosas enseñanzas e iniciaciones de Sanggye Yeshe, así como de su propio hermano y abuelo. A los trece años se trasladó a Ensa para continuar sus estudios, y a los dieciocho partió hacia Tashilhunpo, obteniendo la ordenación completa una vez cumplidos los 21.
Después de una peregrinación a Lhasa, Chokyi Gyaltsen regresó al Monasterio de Ensa y entró en un retiro, durante el cual tuvo una visión de Je Tsongkhapa (rJe Tsong-kha-pa Blo-bzang grags-pa) y recibió importantes transmisiones de parte de él. Para 1601, a la edad de solo 31 años, se había convertido en un maestro muy conocido y respetado, y se le pidió que asumiera el cargo de abad de Tashilhunpo. En Tashilhunpo, Chokyi Gyaltsen conoció al Cuarto Dalái Lama, Yonten Gyatso (Yon-tan rgya-mtsho) (1589-1617), quien lo invitó a regresar con él al Monasterio de Drepung (’Bras-spungs) para ser su tutor y, en 1614, para conferirle los votos de ordenación completa. También le pidió a Chokyi Gyaltsen que lo acompañara a visitar y enseñar en otros monasterios Gelug. Después de la muerte del Cuarto Dalái Lama, Chokyi Gyaltsen se convirtió en el abad de Drepung (’Bras-spungs), Sera (Se-ra), Zhalu (Zhwa-lu) y el Colegio Jangtse del Monasterio de Ganden (dGa’-ldan Byang-rtse) y enseñó en todos ellos.
Chokyi Gyaltsen no solo fue un gran maestro espiritual, sino también un mediador político talentoso. Era particularmente hábil para resolver conflictos, y su trabajo fue crucial en la negociación de tratados de paz entre Bután y el Tíbet, así como para poner orden cuando las tropas mongolas invadieron Lhasa. A través de su perseverancia y habilidades, pudo asegurar que el Gran Quinto Dalái Lama, Ngawang Lozang Gyatso (rGyal-dbang lnga-pa chen-po Ngag-dbang blo-bzang rgya-mtsho) fuera entronizado en Drepung en 1622. Posteriormente, Chokyi Gyaltsen fungió como su tutor.
Mucho más tarde, en algún momento después de 1640, el Quinto Dalái Lama otorgó a Chokyi Gyaltsen el título de Panchen Lama, que significa “Gran Maestro Pandita”, con la identificación de tres maestros anteriores como los tres primeros en el linaje: el primero fue el discípulo de Tsongkhapa, Kedrub Je (mKhas-grub dGe-legs dpal-bzang). Durante la última parte de su vida hasta que falleció en 1662 a la edad de 92 años, continuó enseñando en varios monasterios Gelug de la región, llegando a ser conocido como uno de los maestros budistas más eminentes en la historia tibetana. Fue autor de numerosos textos, entre ellos La puya el gurú (Bla-ma mchod-pa), El yoga extenso de las seis sesiones (Thun-drug-gi rnal-’byor rgyas-pa), Las etapas graduales del camino: Un camino dichoso (Lam-rim bde-lam) y Un texto raíz para la preciosa tradición Gelug-Kagyu de Mahamudra: El camino principal de los Triunfantes (dGe-ldan bka’-brgyud rin-po-che’i phyag-chen rtsa-ba rgyal-ba’i gzhung-lam); Texto raíz para Mahamudra).