Los mongoles zúngaros, de los que se separaron los calmucos cuando emigraron al Volga a principios del siglo XVII, originalmente tenían siete monasterios de piedra en Turkestán Oriental. Tres estaban en el norte cerca de la frontera rusa, uno en Hoboksar 和布克塞尔 y dos al este en Altái 阿勒泰; mientras que cuatro estaban en el oeste en el valle del río Ilí 伊犁河谷 cerca de la frontera kazaja, con dos en Gulja 固勒扎 (actual Yining 伊宁) y dos al norte de ellos en Bortala 博尔塔拉.
Los más grandes de estos siete monasterios de piedra zúngaros eran los dos de Gulja: Altun-de-yurt (Techo Dorado) Sum y Mongen-de-yurt (Techo Plateado) Sum, con 6,000 y 7,000 monjes respectivamente. El cercano Monasterio Haedik tenía 4,000 monjes. Como era costumbre en Amdo y entre los diversos mongoles, cada uno de estos monasterios se dividía en datsangs según el tema principal estudiado. Los zúngaros también tenían muchos monasterios de tiendas de campaña, no solo en Turkestán Oriental, sino también en el este de Kazajistán y Kirguistán, y en el oeste de Mongolia.
Los monasterios de piedra zúngaros fueron destruidos por los manchúes a mediados del siglo XVIII. La mayoría de los monjes zúngaros no solo estaban casados, sino que eran soldados que lucharon en las guerras zúngaro-manchúes. Los monasterios de piedra también actuaron como fortalezas armadas, y los monjes-soldados zúngaros que no se rindieron durante las guerras fueron asesinados. Como consuelo para la esposa del Kan zúngaro, los manchúes construyeron una réplica del Monasterio del Techo Dorado de Gulja en su capital de verano, Chengde 成德 (anteriormente conocida como Rehe 热河, o Jehol), en el sur de Manchuria. Tenía en su mayoría monjes calmucos de la comunidad de retornados en Turkestán Oriental, así como algunos de los monjes zúngaros que se habían rendido, y algunos mongoles.
Los zúngaros supervivientes continuaron con algunos de los monasterios de tiendas que no habían sido destruidos por los manchúes y construyeron siete nuevos de piedra. Solo uno de ellos, el Shar Sum de Altái o Ser Gonpa (Ser dgon-pa), estaba en el sitio de uno de sus siete monasterios de piedra anteriores. Algunos eruditos dicen que, al principio, los calmucos que regresaron a Turkestán Oriental tenían monasterios de tiendas adjuntos a los de piedra de los zúngaros. Pero, con el tiempo, los calmucos construyeron sus propios monasterios de piedra. El alcance de la interacción entre los monasterios de estas dos comunidades no está claro, al igual que la cuestión de si algún calmuco o zúngaro estudiaron en los monasterios del otro. Tampoco está claro si los monasterios de piedra en Kazajistán eran calmucos o zúngaros, y si eran del período antiguo o nuevo.
Los siete monasterios de piedra zúngaros del nuevo período en Turkestán Oriental fueron destruidos durante la Revolución Cultural. Las vastas ruinas de uno de ellos, Ikh Khure (Gran Círculo), se encuentran en Hoboksar. Ahora han reiniciado uno de ellos en Khuriye, al sur de Gulja, que actualmente opera con nueve monjes.