Джунгарские монголы, от которых откололись калмыки, мигрировав в район реки Волги в начале 17 века, изначально построили семь каменных монастырей в Восточном Туркестане. Три были построены на севере, рядом с границей России, один – в Хобоксаре (和布克塞尔), ещё два – восточнее, на Алтае (阿勒泰). Четыре монастыря на западе были построены в долине реки Или (伊犁河谷) рядом с границей Казахстана. Два монастыря были построены в Кульдже (固勒扎, современный Инин, 伊宁) и ещё два – на севере от них в Боро-тале (博尔塔拉).
Из этих семи каменных джунгарских монастырей самыми крупными были два монастыря в уезде Кульджа: Алтун-Де-Юрт Сумэ («Золотая Крыша») и Монген-Де-Юрт Сумэ («Серебряная Крыша»), в них проживало 6000 и 7000 монахов соответственно. В монастыре Хаэдик, что неподалёку, жило 4000 монахов. По традиции, которой придерживались монголы и жители региона Амдо, монастыри делились на дацаны в соответствии с основным предметом, которому там обучались. У джунгаров также было множество палаточных монастырей, причём не только в Восточном Туркестане, но и в восточном Казахстане, в Кыргызстане и в западной Монголии.
Все джунгарские каменные монастыри были разрушены маньчжурами в середине 18 века. Большинство джунгарских монахов были не только женаты, но и в качестве солдат сражались в джунгаро-маньчжурских войнах. Каменные монастыри также выступали в качестве фортов. Все джунгарские монахи-воины, которые не сдались во время войны, были убиты. Чтобы утешить жену джунгарского хана, маньчжуры построили копию монастыря Золотая крыша, который раньше находился в Кульдже, в своей летней столице Чэндэ (成德, прежде она называлась Рехэ, 热河 или Жэхэ) в южной Маньчжурии. В основном там жили калмыцкие монахи, вернувшиеся в Восточный Туркестан, а также несколько сдавшихся джунгарских монахов и монголов.
Выжившие джунгары продолжили поддерживать палаточные монастыри, которые маньчжуры не уничтожили, и построили ещё семь новых каменных монастырей. Только один из них – алтайский Шар-Сумэ, или Сер Гонпа (Ser dgon-pa), – стоял на месте одного из предыдущих семи каменных монастырей. Некоторые учёные говорят, что поначалу вернувшиеся в Восточный Туркестан калмыки присоединяли свои палаточные монастыри к каменным джунгарским. Однако в конце концов калмыки построили свои каменные монастыри. Мы не знаем, насколько активно монастыри этих двух общин контактировали друг с другом, равно как и не знаем, учились ли калмыки и джунгары друг у друга в монастырях. Нам также неизвестно, кем были построены каменные монастыри в Казахстане – калмыками или джунгарами, и к какому периоду они относятся – к новому или к старому.
Семь джунгарских каменных монастырей нового периода в Восточном Туркестане были уничтожены в ходе «культурной революции». В Хобоксаре были найдены обширные руины одного из этих монастырей – Их-Хурэ («Великий Круг»). Сейчас восстанавливают один из этих монастырей, монгольский Хуриэ, что на юге от Кульджи, и сейчас там проживает девять монахов.