До 1958 года у жёлтых уйгуров было около 30 монастырей. Большинство было разрушено, однако отдельные здания некоторых монастырей уцелели. Тремя крупнейшими монастырями были: Хуан Сы (黄寺, Ser dGon-pa), в котором проживало 50 монахов, и он был расположен в Сунани (肃南), примерно в 60 километрах южнее от Чжанъе (张掖, в прошлом Ганьчжоу, 甘州); Мати Сы (马蹄寺, «Лошадиное Копыто») в 60 километрах севернее Чжанъе; и Вэньшу Сы (文殊寺, «Монастырь Манджушри») в округе Наньшань (南山) на юге от Цзюцюаня (酒泉, в прошлом Сучжоу, 肃州). Все три монастыря расположены внутри «коридора» в центре Ганьсу. Всего в монастырях проживало около 500 монахов, а также 200 жёлтых уйгуров обучались в монастыре Кумбум в Амдо (Цинхай, 青海).
Главная область расселения современных жёлтых уйгуров – Сунань-Югурский автономный уезд (肃南裕固族自治县), который расположен в провинции Ганьсу на склонах гор Наньшань вдоль границы с Амдо, на юге от Чжанъе. Некоторые жёлтые уйгуры живут в Цзишишане (积石山), что в 70 километрах восточнее Линься (临夏), на юге от Ланьчжоу (兰州). Также, судя по всему, некоторые из них живут в Субэй-Монгольском автономном уезде (肃北蒙古族自治县), южнее Дуньхуана.
В настоящее время в этой области расположились три крупных и несколько небольших восстановленных монастырей жёлтых уйгуров. Самый большой из них – Мати Сы на севере Чжанъе, который был заново отстроен в 1986 году. В нём проживает 26 тибетцев из Амдо, большинство из которых молоды; но там нет ни одного уйгура. Сейчас там проживает учитель из монастыря Лабранг. Монахи в основном проводят тантрические ритуалы и пропевают молитвы. Прежде в Мати проживало около 100 монахов, в основном тибетцы из Амдо. В Ганьсуйском коридоре (центр провинции Ганьсу) проживает около 30 000 тибетцев из Амдо. Сами они называют себя ганьсуйскими тибетцами. Неизвестно, в какой момент они стали уходить в монастыри жёлтых уйгуров.
Молодые жёлтые уйгуры не присоединяются к сангхе местных монастырей, потому что не знают тибетского, а монахи из Амдо, судя по всему, не могут обучить их тибетскому. В регионе осталось только несколько пожилых уйгурских монахов. Они сняли с себя монашеский сан, женились и продолжили практиковать дома. Если бы здесь были учителя, то, без сомнений, молодые уйгуры были бы заинтересованы в обучении.
Ещё два уцелевших крупных монастыря жёлтых уйгуров – это Вэньшу Сы, на юге от города Цзюцюань, где проживает около 18 монахов, и другой монастырь на юге от Увэй (武威, в прошлом Лянчжоу, 凉州), в котором проживает около 10 монахов. Неизвестно, есть ли сейчас в этих монастырях уйгуры. Говорят, в Цзишишане также находится довольно маленький монастырь, в котором живёт пять-шесть монахов.
В Сунане прежде был крупнейший монастырь уйгуров Хуан Сы, но он так и не был восстановлен. Сейчас там стоит небольшой храм Хунвань Сы (红湾寺, «Красный Залив»), однако там нет ни одного монаха. Прежде там жило 20 монахов. Говорят, в Сунане живёт 76-летний жёлтый уйгур, тулку Лан Цзиньюнь.
Монастыри уйгуров всегда были независимыми. Монастыри в центральной Ганьсу раньше приглашали множество учителей из Лабранга и посылали туда учиться множество студентов. Монастырь в Цзишишане имел похожие договорённости с монастырём Кумбум, хотя монастырь Лабранг находится ближе. В настоящее время в Лабранге учатся несколько молодых монахов-уйгуров.