ختن و حاشیه جنوبی بیابان تکله مکان
ترکستان شرقی، یا به زبان چینی شینجیانگ (Xinjiang)، دارای سابقه طولانی پیروی از آیین بودایی است. در قرن اول قبل از میلاد، بودیسم از طریق حاشیه جنوبی بیابان تکله مکان از هند وارد ختن شد. ختنیها ایرانی بودند. چند قرن بعد پس از ظهور آیین ماهایانا (Mahayana) در هند، شهر ختن به سرعت به یکی از مراکز ماهایانای بودایی تبدیل گردید.
در حدود قرن اول میلادی بودیسم از گندارا (در پاکستان) و کشمیر به کاشغر و همچنین از گندارا ، کشمیر و ختن به مردم هند و اروپایی کروراینه (Kroraina) در نزدیکی لوپ نور (Lop Nur) در شرق ختن رسید. اکثر اهالی کروراینه در قرن چهارم میلادی شهرشان را ترک و به ختن کوچ کردند.
تخاریها و حاشیه شمالی بیابان تکله مکان
در قرن دوم میلادی، تخاریها بودیسم را در کوچه و تورفان، در حاشیه شمالی بیابان تکله مکان، گسترش دادند.
تخاریها از نسل یوئهجیها (Yuezhi) و اهل قفقاز بودند. آنها به زبان باستانی هند و اروپایی غربی، زبانی که نشان گر مهاجرت نژاد قفقازی از دورترین نقطه شرق بود صحبت میکردند. بنابر بعضی منابع، دستهای از یوئهژیها به قزاقستان شرقی کنونی مهاجرت کردند و پس از آن به افغانستان و تاجیکستان کنونی رفتند و در آنجا به تخاریها معروف شدند. آنها سرواستیودا (Sarvastivada) را که شاخهای از هینایانای (Hinayana) بودیسم بود پذیرفتند. تخاریهای کوچه و تورفان هم از آیین سرواستیودا پیروی میکردند.
گرچه بیشتر اویغوریها ، مردمی ترک بودند و از منطقه کوههای آلتایی تووا (Tuva) به شمال مغولستان غربی آمده بودند، اما گروه کوچکی که از قرن چهارم میلادی در تورفان زندگی میکردند، پیرو بودیسم تخاری بودند.
چینیها وسغدیهای اسکان یافته
از قرن اول قبل از میلاد تا قرن دوم میلادی، قبل از استقرار بودیسم در چین، چینیها در این ایالت کویری دارای پادگانهای نظامی بودند. در قرون بعد، بودیسم چینی از طریق مسافرت و سکونت تجار چینی که از دو جاده ابریشم عبور میکردند در منطقه نفوذ کرد. تجار سغدی بودایی اهل ازبکستان در این شهرهای کویری، مخصوصاً در سراسر جاده شمالی اقامت گزیده بودند، در توسعه بودیسم مؤثر واقع شدند. سغدیها نیز مانند تخاریها ایرانی بودند.
ارتباط با تبتیها
از اوائل قرن هفتم تا اواسط قرن نهم میلادی، به استثنای اواسط این دوره که چینیها تبت را فتح کرده بودند، تمام استانهای کویری ترکستان شرقی بجز کاشغر و یارکند (Yarkand) و قسمت اعظم گانسو (Gansu) و قرقیزستان شرقی تحت حکومت تبتیها بود. شواهد باستان شناسی نشان میدهد که تبتیها دارای تأثیر اندکی بر منطقه بودند، اما این نیاز به تحقیق بیشتری دارد. از سوی دیگر، تبتیها مطالب بسیاری را از ختنیها اقتباس کردند، مخصوصاً الفبا و شیوه ترجمه اصطلاحات فنی بودایی را. تونمی سامبهوتا (Tonmi Sambhota) در کشمیر خط ختنی را آموخت و آن را برای نوشتن خط تبتی برگزید. خط ختنی از خط هندی گرفته شده بود که مانند خط تبتی آـ چونگ (a-chung) را برای نوشتن صداهای بلند سانسکریت به کار برده و صداهای خود را در انتهای الفبا قرار داده است.
اویغورها
در نیمه قرن نهم میلادی در همان زمان که تبتیها ترکستان شرقی را پس از حکومت لنگ دارما (Langdarma) ترک نمودند، بیشتر اویغورهای آلتایی که در طول یک قرن و نیم گذشته حاکم بر مغولستان بودند به تورفان رفتند. آنها مغولستان را به دستهای از قرقیزهای مهاجم تسلیم نموده و بعد از رسیدن به تورفان پادشاهی قوچو (Qocho) که تمام حاشیه شمالی بیابان از کوچه (Kucha) تا حامی (Hami) وقسمت شرقی حاشیه جنوبی در اطراف لوپ نور (Lop Nor) را در برمیگرفت، بنیان نهادند. اویغورها که امروزه اویغورهای مغولی نامیده میشوند، آیین مانوی خود را ترک کردند و به بودیسم بستگانشان در تورفان گرائیدند. برخی از محققان معتقدند که بعضی از اویغورها قبل از ترک مغولستان بودایی شده بودند. زیرا آنها هم با تجار بودایی سغدی در ارتباط بودند و هم از ترکان بودایی که قبل از آنها بر مغولستان حکومت میکردند، تأثیر پذیرفته بودند.
قره خانیها
پس از آنکه تبتیها در نیمه قرن نهم ترکستان شرقی را ترک کردند، ختن استقلال یافت و همچنان از بودیسم پیروی نمود. مردم محلی ترک در اطراف کاشغر پادشاهی قره خانی (Qarakhanid) را تأسیس نمودند که در آغاز کاشغر و سپس قرقیزستان شرقی و قزاقستان را در برگرفت. بعضی از محققان معتقدند که این مردم ترک شاخه دیگری از اویغورهای مغولی بودند که به آنجا مهاجرت کرده بودند. به مدت یک قرن، قره خانیها از نوعی بودیسم که آمیختهای از بودیسم کاشغری و آیین شمنی بود پیروی میکردند.
قره خانیها اولین کسانی بودند که در پایان قرن دهم مسلمان شدند. آنها پس از یک دوره طولانی جنگ در نیمه قرن دوازدهم میلادی، ختن را شکست دادند و مردم آنجا را مسلمان نمودند. سربازان تبتی در کنار دوستان بودایی ختنی خود جنگیدند. اویغورهای قوچو اعتقاد به بودیسم را حفظ کردند. آنها نه تنها سیستم کتابت خود را که از سغدیان گرفته بودند به مغولان تحت حکومت چنگیز خان منتقل کردند، بلکه اولین کسانی بودند که بودیسم را به مغولها معرفی کردند. بعدها، وقتی که مغولها به دین بودایی تبتی درآمدند، اویغورها نیز آن را پذیرفتند. از قرن چهاردهم تا هفدهم میلادی، اسلام به اویغورها معرفی شد و به آهستگی از غرب به شرق گسترش یافت.
جونغار و مغولهای کالمیک
مغولهای جونغار(Dzungar) ساکن در شمال ترکستان شرقی و قزاقستان شرقی، از اواخر قرن شانزدهم تا نیمه قرن هجدهم زمانی که از منچوری شکست خوردند و تقریباً نابود شدند، از دین بودایی تبتی پیروی میکردند. در اوائل قرن هفدهم مغولان کالمیک از جونغارها جدا شدند و به سوی ناحیه ولگا در قسمت اروپایی روسیه حرکت کردند تا در آنجا زندگی کنند. در پایان قرن هجدهم یک گروه از آنان به شمال ترکستان شرقی بازگشتند. اعقاب این گروه هنوز در آنجا زندگی می کنند و پیرو بودیسم تبتی میباشند. قبل از هجوم مهاجران چینی هان (Han) و هوی (Hui) اکثریت مردم ترکمنستان شرقی که اویغورها را نیز در بر میگرفت پیرو دین اسلام بودند.