В 16-м веке племена бурятских монголов, которые в основном были шаманистами, но некоторые из них были буддистами и следовали тибетско-монгольской традиции гелуг, начали переселяться из северной Монголии в район сибирского озера Байкал. К 17-му веку Россия захватила Сибирь, включив её в состав империи. Примерно в 1712 году группа примерно из 100 монгольских и 50 тибетских монахов, изгнанных из тибетского дацана Гоманг за устроенный мятеж, прибыли в Бурятию и начала распространять буддизм среди бурятов.
В 1727 году была закреплена граница между Россией и Монголией, которая была частью Маньчжурской империи. Хотя паломники могли пересекать границу, миграция и большинство формальных контактов были приостановлены. Российские цари поддерживали буддизм, чтобы умилостивить бурят и обезопасить свои границы, и использовали лам, чтобы собирать налоги и усиливать контроль над населением. Таким образом, в отличие от калмыков, которые поселились в центральной части России, буряты на далёкой восточной границе были в меньшей степени подвержены российскому вмешательству. Русским была необходима помощь бурят, чтобы вести торговые и дипломатические отношения с Маньчжурским Китаем с позиции силы. Поэтому буддизм развивался в Бурятии быстрее, чем в Калмыкии и Туве.
В 1741 году (или, под другим данным, в 1758 г.) в селе Цугол был построен первый постоянно действующий дацан (монастырь). Вскоре после этого были построены три других дацана, самый важный из них – Гусиноозёрский. Чтобы ослабить влияние Верховного ламы Монголии Богдо-гэгэна Джебдзун-Дамба-хутухты из Урги (совр. Улан-Батор), царь назначил настоятеля Гусиноозёрского дацана постоянным административным и духовным главой Забайкалья, дав ему титул Пандито Хамбо Лама (тиб. pandita mkhanpo blama).
К концу 18-го века и на протяжении всего 19-го происходило быстрое развитие, и в Бурятию пришли все ветви тибетской образовательной системы. Многие люди путешествовали в Тибет и привезли оттуда множество текстов. Редкие тибетские и монгольские тексты печатались в основном в Агинском и Цугольском дацанах. В этих дацанах было четыре типа колледжей: в них преподавались цен-ньи (дебаты), манба (медицина), ду-кор (Калачакра) и гью (тантра). Во многих дацанах, как и в Монголии, был девачен – храм, посвящённый Амитабхе и перерождению в его чистой земле.
Основными дацанами Калачакры, следующими монгольской линии и монгольскому стилю из дацана Намгьял в Потале (Лхаса, Тибет), были Гусиноозёрский, Анинский и Эгитуйский. В бурятские дацаны эта линия и стиль пришли в первую очередь из не сохранившегося до наших дней монгольского дацана Дечен Калава, основанного Гьялченом Ринпоче. В Агинском дацане напрямую следовали линии и стилю Калачакры из Лабранга Таши-кьила, но практиковали на основе того же самого чога, или ритуального текста (sGrub thabs mkhas grub zhal lung), что и в трёх других дацанах; это было основное место для изучения Калачакры. Пожилые ламы вспоминают, что Ленинградский дацан (совр. Санкт-Петербургский дацан), скорее всего, тоже следовал Агинскому стилю практики Калачакры, но там только проводились ритуалы и не было образовательной программы по Калачакре. Агинский дацан напрямую унаследовал свою линию и традицию от Лабранга, поэтому они учились по монастырским учебникам (игча) Кункьена Джамьянга Шепы. Однако ламы предполагают, что в Бурятии, скорее всего, были все три игча гелуг, используемых в Монголии, – Кункьена, Джецунпы и Панчена, но они не полностью в этом уверены. Лучших учеников по цен-ньи (дебатам) отправляли в Монголию для дальнейшего обучения, а лучших из них – в Тибет.
В 1917 году в Забайкалье было 46 дацанов и дунганов (’dus-khang, молитвенный зал для собрания мирян) и 15 000 монахов и учеников (монг. хуварак). Во времена Сталина, между 1932 и 1939 годами, дацаны массово уничтожались, многие ламы оказались в тюрьме и многие книги были сожжены. Более-менее уцелели только Агинский, Цугольский и Гусиноозёрский дацаны в Забайкалье, а также Ленинградский дацан. Остальные лежали в руинах, некоторые были полностью разобраны. Многие тханки и статуи, конфискованные из разрушенных храмов, перевезли в Ленинград, а также в старую церковь в Улан-Удэ, которую использовали как склад для этих предметов. В этой старой церкви по-прежнему (1990 г.) находится подлинная статуя Цэндэн Джово – сандаловая статуя Будды в человеческий рост, созданная во времена Будды и украденная бурятами у китайцев в Пекине в конце 19-го века, во времена Боксёрского восстания против иностранного вмешательства в дела Китая.