Методы медитации махамудры разделяются на методы сутры и тантры, и в своём «Коренном тексте о махамудре» Четвёртый Панчен-лама подробно описывает методы сутры. В целом в методе сутры есть два подхода. Первый из них – сначала достичь медитативного сосредоточения на уме, а затем обрести правильное воззрение пустотности. Второй – сначала обрести правильное воззрение, а затем достичь сосредоточения на уме. Панчен-лама описывает первый метод, в котором сначала достигается шаматха на условной природе ума, а затем – объединённые шаматха и випашьяна, сосредоточенные на глубочайшей природе ума, то есть на пустотности.